Евгений Зубов с 2002 года работает судьей Московского окружного военного суда, является председателем судебного состава судебной коллегии по уголовным делам. Полковник юстиции. За последние годы участвовал в рассмотрение целого ряда громких дел.
10 июня 2004 года по итогам повторного рассмотрения дела об убийстве корреспондента газеты "Московский комсомолец" Дмитрия Холодова Евгений Зубов оправдал всех обвиняемых. Одновременно он вынес частное определение в адрес Генпрокуратуры в связи допущенными во время следствия нарушениями. Кроме того, 15 декабря 2005 года судья удовлетворил иск одного из фигурантов дела полковника ВДВ Павла Поповских, обязав государство выплатить ему 2,1 млн руб., а помощника генпрокурора Ирину Алешину — через СМИ извиниться перед бывшим десантником.
17 февраля 2004 года судья Зубов отказал в изменении приговора бывшему главному финансисту Минобороны генерал-полковнику Георгию Олейнику, осужденному на пять лет за превышение служебных полномочий.
27 февраля 2004 года господин Зубов переправил в Московский гарнизонный военный суд жалобу адвоката Бориса Кузнецова о возобновлении расследования обстоятельств гибели подлодки "Курск", поданную от имени 46 родственников погибших моряков. Господин Зубов пояснил, что данная жалоба находится в юрисдикции нижестоящего суда. Гарнизонный суд жалобу не удовлетворил.
14 декабря 2004 года он приговорил к десяти годам колонии строго режима и лишил звания подполковника погранслужбы ФСБ Игоря Вялкова, обвинявшегося в шпионаже в пользу Эстонии. По версии следствия, шпион выдал имена почти 50 российских агентов. В ходе процесса судья отказал Игорю Вялкову в удовлетворении ходатайства об отказе от двух назначенных судом адвокатов и добавил ему еще одного государственного защитника.