В последние годы СМИ неоднократно писали о проблемах со здоровьем Алексия II. Сообщалось, что он страдает ишемической болезнью сердца, астмой, перенес несколько инфарктов и терял сознание во время богослужений.
28 октября 2002 года Алексий II был госпитализирован во время пастырского визита в Астрахань и после перенесенного гипертонического криза спецрейсом перевезен в Москву. После лечения в Центральной клинической больнице (ЦКБ) управления делами президента РФ и санатории "Барвиха" он смог полностью вернуться к исполнению своих обязанностей 26 декабря.
7-13 февраля 2003 года патриарх по настоянию врачей отложил свою поездку на родину в Эстонию. В конце марта 2003 года он заболел гриппом, который перешел в воспаление легких. В мае из-за повторной простуды был госпитализирован в ЦКБ. Из-за плохого самочувствия глава РПЦ не смог провести пасхальное богослужение и участвовать в праздновании 300-летия Санкт-Петербурга.
В июле 2004 года Алексий II не смог принять участие в торжествах в честь 250-летия Серафима Саровского, так как проходил лечение в Москве в связи с развившейся мерцательной аритмией. Пресс-служба патриархии опровергла сообщения о том, что главе РПЦ сделали аортокоронарное шунтирование.
27 апреля 2007 года в интернете и СМИ появились сообщения, что патриарх, отсутствовавший на похоронах первого президента Бориса Ельцина, находится в критическом состоянии. 2 мая вернувшийся из Швейцарии после планового медобследования и отдыха Алексий II заявил журналистам, что эти слухи "были несколько преувеличены".
28 июля 2008 года патриарх по настоянию врачей прервал визит на Украину, посвященный 1000-летию крещения Руси, и был госпитализирован. По некоторым данным, в августе он перенес операцию на сердце. В ноябре Алексий II проходил лечение в одной из германских клиник и вернулся в Москву 2 декабря.