После десятилетнего перерыва вновь получил право осуществлять международные воздушные перевозки Ставропольский аэропорт. Постановление об этом было подписано 22 апреля председателем правительства России Владимиром Путиным. Запрет на полеты из аэропортов Юга России, и в том числе из Ставрополя, был введен в ноябре 1999 года по ходатайству Министерства обороны. Тогда правительство РФ издало постановление о приостановлении воздушного сообщения с Турцией, Пакистаном, Афганистаном, Саудовской Аравией, Иорданией, Азербайджаном и Грузией для предотвращения проникновения членов зарубежных террористических организаций, ввоза оружия и средств диверсий через государственную границу РФ в пределах Северокавказского района. В 2000 году ограничения на полеты были сняты для всех аэропортов, кроме Ставропольского.
В настоящее время аэропорт входит в состав ГУП «Кавминводыавиа». Ежедневно здесь могут обслуживаться четыре внутренних и восемь международных рейсов. Пока же ежедневно вылетает два рейса Москва — Ставрополь и Ставрополь — Москва и дважды в неделю отправляется самолет в Ереван.
Практически весь комплекс аэровокзала в Ставрополе не ремонтировался с 1977 года. В краевом бюджете на текущий год запланировано выделение 9,5 млн рублей на ремонт водопровода, так как питьевой воды в аэропорту сейчас нет. Кроме того, по информации Минэкономразвития края, в рамках программы «Модернизация единой системы организации воздушного движения РФ» на реконструкцию и перевооружение комплекса средств электросвязи, приемо-передающего оборудования и метеорологического оборудования аэропортов в Минеральных Водах и Ставрополе запланировано выделить порядка 100 млн рублей. На реконструкцию ВПП ставропольского аэропорта из федерального бюджета в 2013–2015 году планируется выделить около одного млрд рублей.