9 ноября 1992 года мэр Москвы Юрий Лужков освободил от должности начальника ГУВД Аркадия Мурашева, который до прихода на этот пост в 1991 году был ученым-теплофизиком и одним из лидеров движения "Демократическая Россия". За неделю до этого правительство столицы связало ухудшение криминогенной обстановки с плохой работой милиции и предложило укрепить ГУВД "компетентными кадрами". Господин Мурашев связывал увольнение с тем, что он входил в команду прежнего мэра Москвы Гавриила Попова и не нашел общего языка с новым градоначальником. Сейчас господин Мурашев входит в политсовет московского отделения партии "Правое дело".
2 марта 1995 года через несколько часов после убийства гендиректора телеканала ОРТ, известного тележурналиста Владислава Листьева президент Борис Ельцин объявил об отставке начальника ГУВД Москвы Владимира Панкратова. Заявление было сделано на встрече с коллегами покойного — сотрудниками телекомпании "Останкино". Соответствующий приказ главы МВД Виктора Ерина был оспорен Юрием Лужковым в Верховном суде РФ, который признал действия министра законными. Господин Панкратов умер 15 февраля 2007 года.
2 декабря 1999 года Борис Ельцин отстранил от должности заместителя главы МВД и начальника столичного ГУВД Николая Куликова. Официально отставка объяснялась тем, что министерская проверка признала работу ГУВД неудовлетворительной, неофициально — соперничеством мэра Юрия Лужкова и Кремля на выборах в Госдуму. Господин Лужков оспорил отставку в Верховном суде, но вновь проиграл. Господин Куликов до апреля 2008 года возглавлял управление по работе с органами обеспечения безопасности правительства Москвы.