18 ноября 2002 года "Новая газета" возложила на вице-губернатора Алексея Пантелеева вину за дело Гута-банка (правительство Московской области обвиняли в невозвращении Гута-банку кредитов, взятых предыдущей администрацией Анатолия Тяжлова). По версии издания, именно Алексей Пантелеев предложил губернатору Борису Громову "считать долги прежней администрации чужими долгами".
5 июля 2003 года на сайте compromat.ru была опубликована статья, в которой Алексей Пантелеев обвинялся в том, что основанное им движение "Боевое братство" стало ""крышей" над большой частью региональных предпринимателей", при этом "потеснив "традиционных" бандитов".
27 января 2005 года, после прошедших в Подмосковье несанкционированных акций протеста против монетизации льгот, прокурор Московской области Иван Сыдорук заявил, что им "внесено представление" в отношении Алексея Пантелеева и начальника ГУВД области Николая Головкина. При этом прокурор не уточнил, что именно содержится в составленном им документе.
В начале 2006 года депутат Госдумы Виктор Алкснис обвинил господина Пантелеева и еще 20 чиновников в незаконном присвоении дачных участков. В ответ Алексей Пантелеев заявил: "Все, что сделано в Барвихе по приватизации дачных участков, строго следует букве закона". В апреле 2007 года заместитель главы Росприроднадзора Олег Митволь направил в Генпрокуратуру запрос по этому поводу. В дальнейшем Алексей Пантелеев в данном контексте не упоминался.
16 марта 2007 года во время подведения итогов выборов в Московскую областную думу лидер списка Союза правых сил Борис Надеждин обвинил Алексея Пантелеева в подтасовке результатов выборов и "краже голосов" партии. "Он сказал, какие должны быть результаты, и уже в комиссии их регулировали",— заявил Борис Надеждин. Алексей Пантелеев опроверг все обвинения.