21 августа 1982 года Андрей Климентьев осужден в городе Горьком по ст. 228 УК РСФСР («Изготовление и сбыт порнографических материалов») и ст. 147 («Мошенничество в особо крупных размерах») и приговорен к восьми годам. В 1989 году освобожден условно-досрочно. В 1999 году Верховный суд признал приговор незаконным, в 2000 году господин Климентьев получил за него 72 тыс. руб. компенсации.
17 октября 1995 года Андрей Климентьев арестован по обвинению в хищении кредита Минфина в $30 млн, выданного его судостроительному заводу «Ока». 21 апреля 1997 года Нижегородский областной суд признал его виновным по ст. 160 ч. 3 УК РФ («Присвоение или растрата чужого имущества в крупных размерах») и приговорил к полутора годам (этот срок обвиняемый отсидел в СИЗО). 17 июля 1997 года Верховный суд отменил приговор, направив дело на новое рассмотрение.
2 августа 1997 года Андрей Климентьев заявил, что давал взятки бывшему губернатору области Борису Немцову. По заявлению последнего было возбуждено уголовное дело по ст. 129 ч. 3 («Клевета, соединенная с обвинением лица в совершении тяжкого или особо тяжкого преступления»).
29 марта 1998 года господин Климентьев одержал победу на выборах мэра Нижнего Новгорода. 1 апреля городской избирком счел итоги выборов недействительными из-за многочисленных нарушений. 2 апреля 1998 года бизнесмен взят под стражу. 27 мая 1998 года по делам о кредите и клевете он получил шесть лет. 3 октября 2000 года освобожден условно-досрочно.
19 января 2006 года Андрей Климентьев задержан по обвинению в присвоении 200 тонн зерна — ст. 161 ч. 3 («Грабеж в особо крупных размерах»). 1 сентября 2006 года он освобожден под подписку о невыезде. В августе 2007 года в ходе суда прокурор предложила сменить обвинения на ст. 330 ч. 1 («Самоуправство») и прекратить дело за истечением срока давности.
23 марта 2006 года против Андрея Климентьева, на тот момент возглавлявшего список партии «Родина» на выборах в областной парламент, областное ГУВД возбудило дело по ст. 159 ч. 4 («Мошенничество в особо крупных размерах»). По версии следствия, в 2001 году обвиняемый взял в долг у своего партнера Станислава Серпухова $50 тыс. на строительство ресторана. Ресторан был построен, но господин Климентьев якобы долг не вернул.