Несмотря на последовательное выстраивание внутрипартийной вертикали, руководство "Единой России" время от времени сталкивается с неповиновением в регионах.
15 марта 2004 года генсовет "Единой России" предложил отделению партии в Самарской области сменить его руководителя Дмитрия Сивиркина. Самарцы отказались выполнять "подковерное" решение, потребовав назвать "веские аргументы" отставки. Они отвергли предложенные Москвой кандидатуры Сергея Сычева и Олега Дьяченко, возглавлявших региональный штаб Владимира Путина на выборах-2004. По их мнению, Сычев был виновен в низких результатах президента в области, а Дьяченко пытался продвинуться, используя связи в руководстве партии. Генсовет в ответ организовал проверку в самарской ячейке, после которой Дмитрия Сивиркина и пятерых его сторонников исключили из партии "за нарушение устава". 13 мая региональное отделение возглавил Сергей Сычев.
23 апреля 2004 года партконференция липецкого регионального отделения отказалась утвердить секретарем ячейки предложенного генсоветом бывшего топ-менеджера НЛМК Сергея Афендулова, выдвинув вместо него кандидатуру вице-губернатора Юрия Божко. Как признался депутат Госдумы Валерий Рязанский, руководство партии не учло особенностей местного отделения, каждый член которого "представляет одну из двух команд — администрации области или Новолипецкого металлургического комбината". Генсовет провел проверку отделения, по итогам которой ликвидировал ряд первичных организаций и исключил из партии их лидеров, лояльных губернатору. В результате 17 сентября главой регионального отделения практически единогласно был избран предложенный генсоветом ставленник НЛМК — мэр Липецка Михаил Гулевский.
7 июля 2005 года генсовет ЕР принял решение о смене руководства отделения в Алтайском крае, отстранив секретаря местного политсовета Леонида Хвоинского и назначив вместо него депутата Госдумы Андрея Кнорра. Одновременно было решено отложить до сентября выборную конференцию. Вопреки решению московского руководства алтайские единороссы 15 июля провели свою партконференцию, на которой потребовали не считать их "за быдло и колхозное стадо" и избрали новый политсовет, не включив в него Кнорра. Генсовет признал эту конференцию нелегитимной и исключил из партии сторонника Хвоинского — председателя исполкома Владимира Семенова. 30 сентября новая конференция подтвердила полномочия Андрея Кнорра.
9 июля 2008 года башкирский политсовет исключил из партии Радия Хабирова, незадолго до этого уволенного с поста главы администрации президента республики Муртазы Рахимова. 29 июля федеральное руководство ЕР восстановило опального политика в партии, но башкирские единороссы вновь проголосовали за лишение его партбилета. Вскоре глава исполкома ЕР Андрей Воробьев сообщил, что Хабиров, перешедший на работу в администрацию президента России, теперь "состоит на партийном учете в московском отделении". Противостояние возобновилось в июне этого года, когда Муртаза Рахимов в интервью газете "Московский комсомолец" заявил, что партией "пытаются рулить люди, которые и тремя курицами не командовали". В руководстве ЕР в ответ намекнули, что за оскорбления Рахимов сам может поплатиться партбилетом. Местная партячейка выступила в его защиту, заявив, что критика направлена на улучшение работы партии. Конфликт был улажен только после визита в Уфу первого замглавы кремлевской администрации Владислава Суркова.
2 июля 2008 года президиум генсовета ЕР рекомендовал заксобранию Приморского края утвердить своим представителем в Совете федерации бывшего федерального инспектора по региону Сергея Ломаева. 30 из 40 депутатов являются единороссами, но они высказались против кандидата, объявленного в розыск по обвинению в подделке диплома. Голосование трижды срывалось из-за отсутствия кворума. Местные партийцы сетовали, что "рука не поднимается голосовать за человека с такой репутацией", и грозили исключить его из партии. В итоге генсовет был вынужден отозвать свою рекомендацию.
17 июня этого года народное собрание Карачаево-Черкесии отказалось утверждать сенатором депутата Вячеслава Дерева, рекомендованного генсоветом ЕР (из 73 депутатов 56 являются членами партии). Парламентариям не понравилось, что нарушается негласное правило, по которому представителем парламента должен быть карачаевец, в то время как Дерев — черкес. После того как еще два голосования завершились ничем, окончательное решение отложили на осень.