17 апреля 2003 года Генпрокуратура по заявлению и. о. гендиректора ОАО "Концерн ПВО "Алмаз-Антей"" Игоря Климова возбудила уголовное дело о хищении средств РАТЕПа. Господин Климов утверждал, что руководство завода хочет обанкротить предприятие. Однако вскоре расследование приостановили "за неустановлением" виновных и возобновили только 21 апреля 2009 года. В конце мая 2009 года прошли обыски на заводе, на квартире первого заместителя гендиректора РАТЕПа Дмитрия Барановского, у его родных и в подконтрольной ему фирме "СИГМА-Консалтинг".
В мае 2003 года следственное управление серпуховского УВД возбудило уголовное дело в отношении бывшего замгендиректора РАТЕПа Алексея Голубчука и директора консалтинговой фирмы Олега Якуты. Их обвинили в присвоении средств оборонного предприятия на 50 млн руб., совершенном еще в 1999 году. По версии следствия, деньги преступники хотели использовать для покупки акций завода. В январе 2007 года Серпуховский горсуд приговорил обоих к трем с половиной годам тюрьмы.
6 июня 2003 года в Москве расстрелян Игорь Климов. Через 15 часов от рук киллеров погиб коммерческий директор РАТЕПа Сергей Щитко. Вначале следствие связывало эти два убийства с борьбой акционеров РАТЕПа, однако позже пришло к выводу, что смерть господина Климова не имеет отношения к предприятию. В апреле 2006 года был арестован предполагаемый заказчик, партнер Игоря Климова по Ладожской инвестиционной компании Константин Братчиков, однако в 2007 году его оправдали присяжные Мосгорсуда. Убийц господина Щитко так и не нашли.