В августе 1998 года ФБР возбудило расследование по факту операций по отмыванию денег через Bank of New York после того, как стало известно о прохождении через банк $300 тыс., уплаченных в качестве выкупа за освобождение похищенного в июне 1998 года российского гражданина Эдуарда Олевинского. Было установлено, что деньги со счета г-на Олевинского были переведены на счет в BNY, принадлежавший компании BECS International LLC, которой управлял российский эмигрант Питер Берлин. ФБР установило,что незаконные операции проходили также через счет компании Benex, которой также управлял Берлин,который,как выяснилось,был женат на Люси Эдвардс, вице-президенте BNY по делам в Восточной Европе.
Публичный скандал вокруг BNY разгорелся после того как 19 августа 1999 года Newsweek и New York Times сообщили, ссылаясь на анонимные источники в ФБР, что русская мафия якобы отмыла в Bank of New York $10 млрд. В публикации USA Today сообщалось, что отмывание денег проводилось через 4 счета в Bank of New York и один — в Republic National Bank. Все счета были открыты на компанию Benex Worldwide Ltd., основателем которой, по данным спецслужб, являлся Семен Могилевич, лидер солнцевской преступной группировки. По предположению USA Today, на этих счетах, оказалась и часть кредитов, предоставленных МВФ российскому правительству.
По информации USA Today, за расследование взялись как минимум 6 американских агентств по расследованию экономических преступлений, включая ФБР, которые работали в тесном контакте с британскими спецслужбами. Расследование, по сообщению газеты, сосредоточилось на вопросе о том, кто из высшего руководства России мог быть причастен к незаконному переводу кредитов МВФ в иностранные банки. Среди подозреваемых USA Today назвала Татьяну Дьяченко, Анатолия Чубайса, Олега Сосковца, Александра Лившица и Владимира Потанина, заметив также, что Борис Ельцин не мог не быть в курсе происходящего.
21-22 сентября 1999 года в Комитете по банкам и финансам палаты представителей Конгресса США прошли слушания по начавшемуся скандалу, переросшие в пропагандистскую кампанию республиканцев, направленную на дискредитацию вице-президента Альберта Гора, отвечавшего за российское направление американской политики. Генеральная прокуратура РФ также поручила ФСБ РФ провести проверку по изложенным в публикациях западных и российских СМИ фактам по поводу махинаций вокруг BNY.
В ходе следствия связь Берлина с криминальным авторитетом Семеном Могилевичем была доказана. Британские власти, ведшие параллельное расследование, установили факт перечисления в общей сложности около $200 млн, которые компании или лица, связанные с г-ном Могилевичем, переправили через лондонское отделение Bank of New York за полтора года.
5 октября 1999 года главе фирмы Benex Питеру Берлину и его жене Люси Эдвардс были предъявлены обвинения в уклонении от уплаты налогов на сумму $1,8 млн.
15 сентября 2000 года The New York Times и The Wall Street Journal сообщили о том, что впервые были раскрыты материалы дела об отмывании денег через Bank of New York. По утверждению американских следователей, центральным звеном схемы по отмыванию денег был Собинбанк, благодаря которому из России были незаконно вывезены порядка $7 млрд. Следствие установило, что большая часть денег, прошедших через BNY — это не средства мафии, а сокрытые от российских налоговых и таможенных органов деньги российских импортеров. В ответ на это Собинбанк обвинил американское правительство в беззаконии и нарушении собственной конституции, поскольку с августа 1999 года у Собинбанка в BNY были арестованы $15,3 млн. Собинбанк пытался опротестовать решение американских властей в суде. Однако в сентябре 2000 года банковские юристы получили копию решения Федерального суда Нью-Йорка, который отказал банку.
6 марта 2001 года Берлин и Эдвардс признали себя виновными в осуществлении банковских операций без надлежащих лицензий и содействии незаконным операциям по отмыванию денег. Супруги дали согласие сотрудничать со следствием, вследствие чего не были арестованы. Приговор по их делу еще не вынесен.
Первый приговор был вынесен 13 июля 2002 года сотруднице BNY Светлане Кудрявцевой. Она была приговорена к двухнедельному тюремному заключению и домашнему аресту на 5 с половиной месяцев за участие в незаконных операциях по отмыванию российских денег.
Кудрявцева созналась, что получала вознаграждение ($500 в месяц) от занимавшей пост вице-президента BNY Люси Эдвардс и ее мужа Питера Берлина за то, что предоставляла им сведения о банковских проводках, с помощью которых отмывались деньги. Кроме того, она призналась, что первоначально лгала следствию.