1999 г., 2006-2008 гг. Людмила Вербицкая, ректор СПбГУ
В 1999 году Вербицкая чуть не отправила в отставку "сепаратиста" Кропачева — он хотел сделать юрфак отдельным юридическим лицом. В 2006 году против соратника Вербицкой, проректора Огнева, открыли уголовное дело, вскоре Кропачев стал первым проректором, а затем Вербицкая уступила ему свой пост.
2000 г. Виктор Шендерович, журналист
Николай Кропачев и Людмила Вербицкая подписали письмо с призывом привлечь авторов программы "Куклы" к суду за злоупотребление свободой слова и оскорбление Владимира Путина.
2002 г. Владимир Яковлев, губернатор Петербурга
Уставной суд города под руководством Кропачева постановил, что текущий срок Яковлева — второй по счету и снова идти на выборы губернатор не вправе. На выборах в 2003 году ставленник Яковлева Анна Маркова проиграла Валентине Матвиенко.
2005 г. Валентина Матвиенко, губернатор Петербурга
Уставной суд города признал незаконной процедуру, по которой создавалась администрация губернатора, и отменил все ее решения. Валентина Матвиенко добилась роспуска суда и изменения процедуры избрания судей. В новый состав Кропачев уже не попал.
2007 г. Отец Евстафий, настоятель церкви Св. Ольги
Священник открыл в церкви, расположенной на землях СПбГУ, храм в честь мученика Юрия Новицкого, профессора Петроградского университета. Евстафий встретился с Кропачевым и попросил поддержать начинание. В ответ университет попытался выселить приход Евстафия.
Январь 2009 г. Сергей Петров, декан медицинского факультета СПбГУ
Руководство университета обвинило декана в махинациях при организации работы университетской клиники. Петров заявил, что действия ректора ведут к развалу работы медицинского центра и поликлиники. Декан уволен, стороны судятся друг с другом.
Июнь 2009 г. Марина Шишкина, декан факультета журналистики СПбГУ
29 июня на ученом совете декан журфака обрушилась с критикой на Кропачева: она обвинила его в развале медицинского центра и клиники и непрофессиональном управлении вузом. Президент вуза Вербицкая подала на Шишкину в суд за клевету, ее пытались снять с поста декана, вынесли ряд взысканий. Против Шишкиной возбуждено несколько дел.