Байкальский ЦБК был введен в эксплуатацию в 1966 году. Еще на стадии строительства ученые начали говорить о его вреде для экологии. Позже проблемой вредных стоков комбината заинтересовались общественные деятели, одним из главных борцов за закрытие БЦБК стал писатель Валентин Распутин. В итоге в 1987 году ЦК КПСС и Совмин СССР предписали к 1993 году прекратить варку целлюлозы на предприятии.
2 декабря 1992 года правительство РФ приняло постановление о перепрофилировании ЦБК к 1995 году на основе конкурса проектов, который не был проведен из-за отсутствия средств.
В ноябре 1998 года Госкомприроды Иркутской области попытался через суд прекратить "экологически вредную деятельность" комбината. Иск был отклонен.
В марте 2000 года и. о. президента Владимир Путин поручил разработать программу перепрофилирования ЦБК. В июле 2001 года Минприроды утвердило план, предусматривающий введение на предприятии замкнутого водопользования. $22,4 млн на его финансирование согласился выделить Всемирный банк, еще $11,1 млн должен был вложить комбинат. Однако после перехода в 2002 году предприятия под контроль компании "Континенталь Менеджмент" проект был закрыт.
4 декабря 2007 года Росприроднадзор через суд потребовал приостановить деятельность ЦБК за работу с истекшей лицензией на водопользование и возместить 3,2 млрд руб. ущерба. Комбинат предупредил, что его остановка повлечет прекращение работы очистных сооружений и ТЭЦ Байкальска. В марте 2008 года стороны договорились урегулировать спор.