Родился 6 марта 1965 года в Коломбо (Шри-Ланка). В 1989 году окончил факультет международной экономики Московского финансового института, где учился на одном курсе с Михаилом Прохоровым. После вуза трудился во Внешэкономбанке СССР. С 1992 года — на руководящих должностях в банке "Международная финансовая компания", с 1994 года — председатель правления, с 1994 года — президент банка. В июне 1996 года стал гендиректором и председателем правления РАО "Норильский никель". 28 января 2001 года избран главой Таймырского (Долгано-Ненецкого) АО (получил 61,97% голосов), став самым молодым губернатором. 22 сентября 2002 года победил во втором туре выборов главы Красноярского края (набрал 48,07%). Первоначально местный избирком признал голосование недействительным из-за нарушений в ходе предвыборной кампании, но отменил свое решение после вмешательства ЦИК. 4 июня 2007 года господин Хлопонин переутвержден губернатором по представлению президента. Член высшего совета "Единой России", возглавлял региональные списки партии на выборах в Госдуму.
Кандидат экономических наук. Полковник запаса. Награжден орденами Почета и "За заслуги перед Отечеством" IV степени. Женат, дочь.