В 2000 году IKEA отказалась от строительства эстакады к торговому центру в Химках из-за претензий властей Москвы, считавших, что она заслонит памятник "Противотанковые ежи". Разрешение дали через четыре года, когда IKEA начала строить в Химках центр "Мега". Его открытие дважды откладывалось из-за претензий администрации Химкинского района, так как парковка центра находилась в опасной близости с газопроводом. Глава IKEA в России Леннарт Дальгрен тогда пожаловался на "шантаж, саботаж и вымогательство". В свою очередь, руководитель владеющей IKEA группы Ingka сетовал, что компания стала "жертвой собственных европейских стандартов взаимодействия с госорганами". Тем не менее IKEA согласовала проект с властями и пожертвовала $1 млн на развитие детского спорта.
В 2003-2004 годах из-за претензий Минприроды останавливалось строительство магазинов в Санкт-Петербурге и Екатеринбурге, но компании удавалось быстро оформить необходимые документы. При этом в октябре 2004 года управляющий "Мега Екатеринбург" Микаэль Нильсон лично опроверг слухи о том, что преодолеть сопротивление чиновников удалось с помощью взятки $15 млн.
Компания сообщала о проблемах с технической документацией при строительстве торговых комплексов "Мега" в Самаре, Ростове-на-Дону, Казани и Адыгее. Из-за конфликта с самарскими властями в марте 2009 года совет директоров IKEA Group даже поставил под сомнение возможность продолжения инвестиционной программы в России "в связи с непредсказуемым характером административных ресурсов".
В июне 2009 года основатель и основной владелец IKEA Group Ингвар Кампрад публично обвинил российских энергетиков в завышении цен. Он подчеркнул, что поставки электроэнергии и газа можно было бы удешевить за взятки, но "руководство IKEA никогда не шло на это".