Родился 28 октября 1946 года в Пугачеве (Саратовская область). В 1979 году окончил Саратовский юридический институт. Трудился наладчиком станков, мастером на оборонном предприятии. С 1971 года работал в системе исполнения наказаний. Начинал инспектором оперативной части колонии строгого режима N 13 в Саратовской области, затем возглавлял ряд колоний и управление исправительно-трудовых учреждений области. С 1988 года трудился в центральном аппарате МВД СССР, в 1992 году возглавил ГУИН МВД РФ. В феврале 1997 года снят с должности в связи с подозрением в неправомерном расходовании бюджетных средств. Обвинения не подтвердились, и в том же году господин Калинин стал заместителем главы департамента законодательства о госбезопасности и правоохранительной деятельности Минюста, а в июле 1998 года — заместителем министра.
15 декабря 2004 года назначен директором Федеральной службы исполнения наказаний (ФСИН). В июле 2005 года своим указанием расширил список регионов, куда можно отправлять осужденных из Москвы. В результате бывшие акционеры НК ЮКОС Михаил Ходорковский и Платон Лебедев были отправлены в Читинскую область и Ямало-Ненецкий автономный округ. В ноябре 2006 года господин Калинин подал рапорт об отставке по возрасту, после того как проверка подтвердила нарушения в колонии N 12 (Пермский край), на которые один из заключенных пожаловался президенту Владимиру Путину во время прямой линии. Глава ФСИН неоднократно защищал честь ведомства. В частности, он судился с правозащитником Львом Пономаревым, назвавшим систему исправительных учреждений "садистской", и оправдывал применение спецсредств сотрудниками колонии N 1 в Копейске (Челябинская область), которые обвинялись в жестоком убийстве четырех осужденных в 2008 году. 3 августа 2009 года назначен заместителем министра юстиции.
Генерал-полковник юстиции. Награжден двумя орденами Мужества, орденом Трудового Красного Знамени, орденом "За заслуги перед Отечеством" второй, третьей и четвертой степеней.