С 1992 года Госналогинспекцию по Башкирии возглавлял экс-министр по налогам и сборам РФ Геннадий Букаев, который ушел в 1999 году на повышение в Москву, а позднее разоблачил «байконурские» операции уфимских НПЗ, контролируемых руководством республики, и заставил заплатить их в бюджет 12 млрд руб. недоначисленных акцизов.
Его преемник на посту главы УФНС Рашит Сатаров, как считается, поплатился должностью в 2003 году за то, что встал на защиту интересов НПЗ. После этого заводы и «Башнефть» перевели на налоговый учет в Москву, в межрегиональные инспекции по крупнейшим налогоплательщикам.
В том же 2003 году руководителем УФНС не очень долго работал Александр Веремеенко, брат Сергея Веремеенко, главного оппонента президента Башкирии Муртазы Рахимова на состоявшихся в декабре президентских выборах.
До 2007 года службу возглавляло семь чиновников в ранге «и. о. руководителя», ни один из которых не был утвержден в качестве полноправного главы службы.
В январе 2007 года на пост главы УФНС был назначен выходец из Татарстана Айнур Айдельдинов, кандидатура которого не была согласована с руководством Башкирии. Господин Айдельдинов продержался на посту ровно месяц и был отставлен после жалоб руководства республики и депутатов Госсобрания РБ в адрес федеральных органов, а также пикетов и акций с требованием его отставки.