6 октября 2004 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело в отношении бывшего заместителя главы дирекции внешнего долга НК ЮКОС Владимира Переверзина и руководителей компаний "Ратибор" и "Фаргойл" Владимира Малаховского и Антонио Вальдеса Гарсию. Их обвинили в присвоении, легализации и растрате $13 млрд. По версии следствия, добываемая дочерними предприятиями ЮКОСа нефть по заниженным ценам поставлялась "Фаргойлу" и "Ратибору", зарегистрированным в зонах со льготным налогообложением в Мордовии и Эвенкии. Эти фирмы отправляли сырье кипрским компаниям, которые реализовывали его по рыночным ценам, выводя выручку в зарубежные офшоры.
10 декабря 2004 года был арестован Владимир Малаховский, 18 декабря — Владимир Переверзин. Антонио Вальдеса Гарсию задержали 9 июня 2005 года. Расследование дела было завершено 22 марта 2006 года. В январе 2007 года во время судебных прений господину Вальдесу Гарсии удалось бежать из-под охраны. Он перебрался в Испанию, откуда заявил об избиении следователями подсудимых.
5 марта 2007 года Басманный суд приговорил Владимира Переверзина к 11 годам, а Владимира Малаховского — к 12 годам колонии строгого режима. Приговор вынесла судья Елена Ярлыкова, которую в сентябре 2009 года лишили статуса за то, что она по ошибке отпустила на свободу опытного мошенника. 21 июня 2007 года Мосгорсуд подтвердил приговор господам Переверзину и Малаховскому. 26 июля 2009 года правительство Испании отказалось выдать России Антонио Вальдеса Гарсию. Сейчас его дело рассматривается в Басманном суде в заочном режиме.