Первым министром обороны при президенте Южной Осетии Эдуарде Кокойты 26 декабря 2001 года стал Валерий Тедеев, ранее занимавший пост замминистра. Вскоре он выступил с обвинениями в адрес семьи президента, которую подозревал в попытке продажи осетинских танков Турции. 1 июля 2003 года смещен с должности по подозрению в подготовке переворота.
В июле--сентябре 2003 года Минобороны руководил экс-глава МВД Бала Бестауты. В Цхинвали он считается героем войны 1991 года, в Тбилиси — "криминальным авторитетом клана Кокойты". После ухода с поста возглавил отряд "горного спецназа", затем избран в парламент республики.
25 сентября 2003 года оборонное ведомство возглавил бывший заместитель командующего 58-й армией Северо-Кавказского военного округа полковник Зелим Мулдаров. 15 апреля 2004 года он умер у себя дома в Цхинвали. Одной из версий называлось отравление, итоги расследования неизвестны.
6 июля 2004 года министром стал российский полковник в отставке, ветеран войн в Афганистане и Чечне Анатолий Баранкевич. В декабре 2006 года возглавил совбез республики, в августе 2008 года участвовал в боях за Цхинвали, лично подбив два танка. Вскоре после войны покинул республику и обвинил Эдуарда Кокойты в коррупции и узурпации власти.
11 декабря 2006 года ведомство возглавил российский генерал-майор Андрей Лаптев, ранее руководивший штабом вооруженных сил Южной Осетии. Неоднократно отчитывался об отражении грузинских атак (Тбилиси традиционно отвергал факты боестолкновений). В марте 2008 года получил от Эдуарда Кокойты орден Дружбы, звание генерал-лейтенанта и ушел отставку "по собственному желанию".
В марте--октябре 2008 года Минобороны руководил бывший военком Пермского края генерал-майор Василий Лунев. По сообщениям СМИ, во время августовской войны с Грузией он несколько дней командовал 58-й армией вместо раненного в бою командарма Анатолия Хрулева. Генерал Лунев не попал в новый состав южноосетинского правительства и вернулся на пост военкома.
31 октября 2008 года министром назначен бывший глава разведуправления штаба Уральского военного округа генерал-лейтенант Юрий Танаев. Официально о его отставке объявлено 27 июля 2010 года, хотя еще с мая в качестве исполняющего обязанности министра в СМИ упоминался замминистра Ибрагим Гассеев.