12 августа 2000 года в Баренцевом море затонула атомная подлодка К-141 "Курск", погибли 118 человек. В декабре 2001 года отправлены в отставку или понижены в должности 14 адмиралов и офицеров, в том числе командующий и начальник штаба Северного флота Вячеслав Попов и Михаил Моцак. В январе 2002 года господин Попов стал сенатором от Мурманской области, а Михаил Моцак в мае 2004 года — помощником полпреда президента в СЗФО.
30 августа 2003 года в Баренцевом море во время буксировки затонула списанная атомная субмарина К-159, погибли девять человек. 18 мая 2004 года командующий Северным флотом Геннадий Сучков приговорен к четырем годам лишения свободы условно за халатность. В апреле 2005 года он стал советником министра обороны Сергея Иванова.
4 августа 2005 года для спасения затонувшего у Камчатки батискафа АС-28 пришлось вызывать британских и американских специалистов. 5 сентября главком ВМФ Владимир Масорин объявил выговор командующему Тихоокеанским флотом Виктору Федорову и предупредил о неполном служебном соответствии начальника штаба флота Константина Сиденко и командующего войсками и силами на северо-востоке Виктора Гаврикова (во время ЧП он был в отпуске). Вскоре господин Сиденко стал командующим Балтийским, а затем — Тихоокеанским флотом. В июле 2010 года ему поручили командовать новым Восточным военным округом.
21 сентября 2009 года "Новая газета" опубликовала расшифровку телефонных переговоров командующего ВДВ Владимира Шаманова. Из них следовало, что генерал направлял две группы спецназа, чтобы помешать обыску на подконтрольном родственнику заводе. 7 октября по итогам служебного разбирательства Анатолий Сердюков предупредил господина Шаманова о неполном служебном соответствии.
13 ноября 2009 года в Ульяновске при пожаре на 31-м арсенале ВМФ погибли два человека, был нанесен значительный ущерб городу. 24 ноября президент Дмитрий Медведев назвал ЧП "позором" и уволил с военной службы начальника инженерных войск Юрия Балховитина, начальника Главного ракетно-артиллерийского управления Минобороны Олега Чикирева и поручил наказать командование 2-й армии. Вскоре ее командующий Олег Макаревич покинул свой пост — он стал заведующим кафедрой академии Генштаба.