С момента назначения 3 августа 2009 года Александра Реймера директором ФСИН своих должностей лишились 42 высших руководителя ведомства. Из них 23 работали в центральном аппарате ФСИН, а 17 возглавляли региональные управления службы.
Самым громким стало увольнение президентом сразу 20 чиновников ФСИН высшего ранга 4 декабря 2009 года. Первоначально в ведомстве это связали с реформой службы, но вскоре признали, что многие из этих отставок были реакцией на скандал вокруг смерти в СИЗО 16 ноября юриста инвестфонда Hermitage Capital Сергея Магнитского. В число уволенных тогда попали начальники управления следственных изоляторов и тюрем Валерий Телюха, управления по работе с личным составом Борис Гонцов, управления охраны Александр Новиков, управления конвоирования и спецперевозок Владимир Репьев, медицинского управления Владимир Троицкий, управления кадров и профессионального образования Сергей Ширшов, а также начальник УФСИН по Москве Владимир Давыдов. Помимо этого из-за смерти юриста были уволены начальники изоляторов "Матросская Тишина" Фикрет Тагиев и "Бутырский" Дмитрий Комнов.
Помимо московского были заменены руководители управлений ФСИН по республикам Коми, Татарстан и Якутия, Алтайскому и Забайкальскому краям, Санкт-Петербургу и Ленинградской области, а также по Владимирской, Вологодской, Воронежской, Московской, Нижегородской, Омской, Ростовской, Саратовской, Тульской и Тюменской областям.