В октябре 1998 года Генпрокуратура возбудила дело о злоупотреблениях при реконструкции Кремля и других гособъектов. Свое расследование начала прокуратура Швейцарии, утверждавшая, что получившие выгодные подряды фирмы Mabetex и Merkata платили за это семье президента Бориса Ельцина и главе управделами президента Павлу Бородину. 8 декабря 2000 года Генпрокуратура закрыла дело за отсутствием состава преступления. 17 января 2001 года ставший госсекретарем Союзного государства РФ и Белоруссии Павел Бородин арестован в США по запросу Швейцарии. Проведя два месяца в тюрьмах США и Швейцарии, он был выпущен под залог более $3 млн. 4 марта 2002 года швейцарская прокуратура закрыла дело, оштрафовав господина Бородина на $180 тыс. за отмывание $30 млн.
В феврале 1999 года прокуратура сообщила, что экс-глава предприятия бытового обслуживания управделами Николай Михайлов подозревается в растрате 73,4 млн руб. О результатах расследования не сообщалось.
В январе и мае 2004 года прокуратура Мособласти возбудила дела о незаконной передаче в частную собственность 100 га земли, находящейся на балансе управделами. В превышении полномочий подозревали глав администраций Красногорского и Одинцовского районов Бориса Рассказова и Александра Гладышева. Однако уголовные дела в отношении них были признаны судами незаконными.
24 августа 2006 года задержан заместитель директора ФГУП "Расчетно-финансовый центр" управделами Алексей Наумов. За счет ФГУПа он пытался погасить долг, возникший у подконтрольной ему компании. 5 ноября 2008 года Тверской суд Москвы приговорил чиновника к семи годам колонии и выплате 25 млн руб. ущерба.
В октябре 2009 года выявлены хищения в ФГУ "Объединенная больница с поликлиникой" управделами, где работники бухгалтерии получили 3 млн руб. зарплаты за уволившихся сотрудников. Дело направлено в суд.
27 мая 2010 года московским следственным комитетом при прокуратуре возбуждено дело в отношении ведущего советника контрольно-ревизионного отдела медицинских организаций главного контрольного управления управделами Игоря Ерашова и начальника отдела этого управления Владимира Корнияки. По версии следствия, они получили взятку в размере $10 тыс. от руководителя одной из подведомственных структур. Расследование продолжается.