Приватизации предприятий башкирского ТЭКа проходила поэтапно и продолжалась почти десять лет. В 1993 году для управления ими был создан государственный холдинг "Башнефтехим". От государства ему досталось 74,9% акций Уфимского НПЗ, 85,4% Новоуфимского НПЗ, 60,6% "Уфанефтехима", 71,8% "Уфаоргсинтеза" и 57,4% "Башкирнефтепродукта", а позднее еще и 63,7% акций "Башнефти". В 1999 году Минимущество Башкирии внесло 93,4% акций "Башнефтехима", 32% "Башкирэнерго", а также акции "Башнефти" в капитал Башкирской топливной компании (БТК). После этого "Башнефтехим" был ликвидирован. В 2001 году "Башнефтехим" возглавил сын экс-президента Башкирии Урал Рахимов. Через год был издан указ Муртазы Рахимова, который разрешил БТК продажу активов. А в 2005 году "Башкирский капитал" продал за $600 млн блокпакеты входящих в него предприятий дочке АФК "Система" — ОАО "Система-инвест". Оставшиеся акции были переведены на баланс четырех благотворительных фондов — "Урал", "Агидель", "Инзер" и "Юрюзань", за которыми стояли одноименные ООО, учрежденные, по неофициальным данным, под контролем Урала Рахимова.
В ноябре 2008 года "Система-инвест" получила право трехлетнего управления фондами, владеющими контрольными пакетами в компаниях башкирского ТЭКа. До конца февраля акции этих компаний находились под арестом — в 2007 году налоговики обратились с иском, пытаясь конфисковать бумаги, принадлежащие фондам, но в конце января отказались от своих претензий. В марте 2009 года АФК "Система" подписала соглашение о выкупе за $2,5 млрд у четырех фондов принадлежащих им акций шести компаний башкирского ТЭКа. По итогам сделки "Система" стала владельцем 76,52% акций "Башнефти", 65,78% "Уфанефтехима", 87,23% "Новойла", 73,02% "Уфаоргсинтеза", 78,49% "Уфимского НПЗ" и 73,33% "Башкирнефтепродукта". Через владение этими компаниями АФК также контролирует и одну из крупнейших независимых энергосистем в России — ОАО "Башкирэнерго".