25 сентября 2007 года Счетная палата сообщила о выявлении нарушений при исполнении бюджетов Пенсионного и других госфондов. 11 декабря 2007 года председатель ПФР Геннадий Батанов подал в отставку "в связи с выходом на пенсию", однако, по словам главы Счетной палаты Сергея Степашина, причиной стали результаты его проверок.
В декабре 2008 года палата объявила о результатах проверки бюджетных расходов на восстановление Южной Осетии. Были обнаружены нарушения при выплате компенсаций пострадавшим, которые "создают условия для злоупотреблений и вызывают социальную напряженность", и низкие темпы работ. О нарушениях в республике палата сообщала также летом 2010 года.
В марте 2009 года ведомство заявило, что вторая сцена Мариинского театра может обойтись бюджету в 18 млрд руб.— вдвое дороже, чем планировалось. В результате был объявлен новый архитектурный конкурс, а контроль за расходами поручен главе Сбербанка Герману Грефу.
В феврале 2010 года палата объявила, что созданный в 2008-2009 годах зерновой интервенционный фонд угрожает бюджету потерями в 8-10 млрд руб. Также были выявлены нарушения при закупке зерна в фонд.
В июле 2010 года опубликован отчет о проверке использования бюджетных и внебюджетных средств при подготовке к Олимпиаде в Ванкувере, выявившей многочисленные юридические, организационные и финансовые нарушения. Лично министр спорта и туризма Виталий Мутко был обвинен в том, что жил в отеле с суточной стоимостью номера $1407 и получил 97 ваучеров на завтраки, то есть по 5 за день.
В августе 2010 года стало известно о претензиях Счетной палаты к Росохранкультуре. Аудиторы констатировали, что ведомство "самоустранилось от государственной охраны", сведя основную деятельность к выдаче разрешений на ввоз и вывоз ценностей. По данным СМИ, выявленные нарушения могут привести к скорой ликвидации Росохранкультуры.