Родился 27 мая 1953 года в Новосибирске. Окончил общеэкономический факультет Новосибирского института народного хозяйства (1975) и аспирантуру в Новосибирском госуниверситете (1978). С 1978 года преподавал политэкономию в новосибирских вузах. С 1981 года трудился в новосибирском облисполкоме, прошел путь от начальника отдела плановой комиссии до заместителя начальника главного планово-экономического управления. В 1991 году назначен заместителем, затем первым заместителем председателя горисполкома Ивана Индинка. В декабре 1993 года ставший губернатором господин Индинок назначил Виктора Толоконского главой администрации Новосибирска. Одновременно он был избран председателем городского собрания. В марте 1996 года стал первым избранным населением мэром Новосибирска. В январе 2000 года и декабре 2003 года избирался губернатором Новосибирской области. В июле 2007 года переназначен на пост по представлению президента Владимира Путина. Был членом КПСС, в середине 1990-х участвовал в создании регионального отделения НДР, с 2005 года — член "Единой России". Награжден орденами Дружбы и "За заслуги перед Отечеством" четвертой степени. Женат, двое детей.