В декабре 2006 года московская налоговая инспекция N 5 подала иск к ЗАО "ПрайсвотерхаусКуперс Аудит" (PwC), требуя признать договоры об аудите ЮКОСа за 2002-2004 годы "сделками, цель которых противна основам правопорядка и нравственности". В нем говорилось, что аудитор готовил два заключения: в официальном отчете (для инвесторов) говорилось о достоверности отчетности компании, в закрытом (для руководства компании) указывалось на выявленные нарушения.
20 марта 2007 года арбитражный суд Москвы удовлетворил иск, признав PwC "фактическим участником" незаконных налоговых схем ЮКОСа. Он постановил взыскать в доход бюджета полученное аудитором вознаграждение в размере $480 тыс.
В апреле 2007 года АвтоВАЗ разорвал 13-летние отношения с аудитором из-за репутационных проблем. Тем не менее главный клиент PwC — "Газпром" — решил продолжить сотрудничество. Тогда же Минфин принял решение о продлении лицензии компании на пять лет. Вскоре — 25 июня 2007 года — PwC отозвал аудиторские заключения по отчетности ЮКОСа за 1996-2004 годы, ссылаясь на новые сведения о деятельности нефтяной компании, полученные от Генпрокуратуры.
28 января и 19 августа 2008 года Девятый арбитражный апелляционный суд подтвердил решение арбитражного суда Москвы о признании договора об аудите между PwC и ЮКОСом сделкой, противоречащей "основам правопорядка и нравственности". 24 октября 2008 года Федеральный арбитражный суд Московского округа по жалобе PwC отменил это решение и прекратил дело. Причиной стала ликвидация ЮКОСа, выступавшего в деле соответчиком.