В августе 2005 года сотрудники следственного комитета при МВД РФ задержали в аэропорту Шереметьево несколько фур с телефонами. Товар на $10 млн предназначался компаниям "Евросеть", "Беталинк" и Dixis. 29 марта 2009 года по делу о хищении части этих аппаратов был задержан бывший оперуполномоченный по особо важным делам МВД подполковник Сергей Черненко. В сентябре 2005 года он изъял телефоны со склада в Шереметьево, однако на склад РФФИ привез другое оборудование — вытяжки, бойлеры и водонагревательные котлы. Телефоны же с помощью подставных фирм он продал за 194 млн руб. 28 июня 2010 года Мосгорсуд признал Черненко виновным в мошенничестве и приговорил его к шести годам.
В ноябре 2005 года Московско-Смоленская транспортная прокуратура в рамках дела о контрабанде вертолетов признала вещественным доказательством и изъяла вертолет Bell-407 бизнесмена Владимира Костылева, не имевшего отношения к расследованию. В июне 2006 года вертолет был продан на основании статьи 82 УПК, дающей следователю право на реализацию вещдока, если его хранение слишком дорого. Господин Костылев, не получивший компенсации, подал иск в Конституционный суд. 16 июля 2008 года суд удовлетворил жалобу и признал положение УПК неконституционным. Суд также постановил, что без судебного решения изъятие имущества допустимо лишь временно и без лишения права собственности.
В марте 2006 года сотрудники МВД арестовали на Шереметьевской таможне 167,5 тыс. сотовых телефонов Motorola на $19 млн, закупленных компанией "Евросеть". Трубки якобы не были сертифицированы, хотя компания сумела доказать обратное. В итоге "Евросети" вернули 117,5 тыс. телефонов. Остальные 50 тыс. аппаратов были признаны Московской транспортной прокуратурой опасными для здоровья и подлежащими уничтожению. В том же году "Евросеть" заявила в правоохранительные органы о появлении "уничтоженных" телефонов в розничной продаже. В 2008 году дело о незаконном изъятии было возбуждено против бывшего следователя Московской транспортной прокуратуры Дмитрия Латыша, который, по версии следствия, конфисковал телефоны для их дальнейшей реализации. 1 сентября 2010 года дело передано в суд.
В апреле 2007 года сотрудники МВД в качестве вещдоков по делу о контрабанде вывезли со склада компании "Компоненты и системы" оргтехнику на $10 млн. В июне фирма заявила в Генпрокуратуру о незаконном изъятии товара, после чего техника была обнаружена милиционерами на складах компании Ultra Electronics. После этого Ассоциация предприятий компьютерных и информационных технологий обвинила Ultra в сбыте незаконно конфискованной техники и призвала поставщиков разорвать с ней связи. К февралю 2008 года Ultra задолжала поставщикам и банкам около $70 млн и была обанкрочена.
В мае 2008 года следственный комитет при прокуратуре РФ в рамках расследования дела о хищении оргтехники у "Компонентов и систем" объявил о раскрытии преступной группы, занимавшейся продажей конфискованных кухонной мебели и оргтехники. Среди подозреваемых оказались экс-прокурор Северо-Западного округа Москвы Валерий Самойлов, замначальника ОБЭП округа Сергей Рябуха и несколько его подчиненных. Обвиняемые возбуждали дела о контрабанде и изымали у фирм имущество, которое затем выкупали у РФФИ по минимальной стоимости, а продавали по рыночным ценам. Пострадавшими помимо фирмы "Компоненты и системы" признаны фирмы "Фазар", "Гейзер", "Спорт-Хаус" и "Вектор". Общий ущерб бизнесменов следствие оценило в 550 млн руб. В июне 2010 года обвиняемые приговорены на сроки от 7 лет условно до 13 лет лишения свободы.