В декабре 2004 года "Сургутнефтегаз" принял участие в переходе основного добывающего актива ЮКОСа "Юганскнефтегаза" (ЮНГ) под контроль государственной "Роснефти". 19 декабря аукцион по продаже 76,79% ЮНГ за долги выиграло неизвестное ООО "Байкал Финанс Групп" (БФГ), предложившее $9,4 млрд. Вскоре эта структура была куплена "Роснефтью". При этом, как сообщали СМИ, на аукционе БФГ представляли сотрудники "Сургутнефтегаза", он же внес необходимый для участия в торгах залог.
С 2005 года нефтяная компания принимает участие в медиапроектах санкт-петербургского банка "Россия", которым владеет близкий к Владимиру Путину бизнесмен Юрий Ковальчук. Тогда "Сургутнефтегаз" купил у "Северстали" 35% канала РЕН ТВ, большая часть этого пакета в 2007 году была перепродана аффилированной с банком ИК "Аброс". В 2008 году на базе медиаактивов "России", "Сургутнефтегаза" и "Северстали" была создана "Национальная Медиа Группа" (НМГ). По данным СМИ, доля "Сургута" в группе может достигать 23%. В июне 2010 года нефтекомпания вместе со структурами банка и "Северстали" консолидировала 100% крупнейшего в России продавца телерекламы "Видео Интернешнл". Доля "Сургутнефтегаза" в селлере составила 15%. Источник, близкий к НМГ, подтверждает, что интерес нефтекомпании к медиаактивам минимальный и она лишь финансирует покупки банка "Россия".
В апреле 2009 года "Сургутнефтегаз" купил у австрийской OMV за $1,86 млрд 21,2% венгерской нефтяной компании MOL. Менеджмент MOL и власти Венгрии объявили покупку недружественной, а ряд аналитиков выдвинули версию, что с помощью этой покупки Москва стремится повлиять на строительство газопровода Nabucco. В сентябре 2010 года появилась информация, что венгерские власти ведут переговоры о выкупе доли "Сургутнефтегаза" не только с самой компанией, но и напрямую с российским правительством.