Самый громкий скандал, касающийся представителей власти, разгорелся в Хабаровском крае после заявления господина Фатеева в сентябре 2009 года о том, что следователи возбудили уголовное дело по ч. 3 ст. 286 УК РФ («Превышение должностных полномочий») в отношении краевого министра финансов Александра Кацубы. Министр, как заявил тогда глава СУ СКП, был заподозрен в хищении из краевого бюджета 330 млн руб. через выдачу незаконного бюджетного кредита пяти краевым фирмам. На эти деньги был якобы куплен московский банк, впоследствии использовавшийся «руководством края» для вывода средств за рубеж. Дело, возбужденное главным следственным управлением СКП РФ
21 сентября, спустя четыре дня было прекращено заместителем генпрокурора Виктором Гринем как незаконное. В его рамках прошли многочисленные обыски, в том числе в правительстве региона, минфине, рабочем кабинете Александра Кацубы, а также в офисах коммерческих фирм. Представители последних назвали дело «заказом из Москвы» и возмутились «непрофессиональными» действиями следователей.
Между тем, скандал имел продолжение в результатах проверки Счетной палаты, прошедшей в крае в начале 2010 года. Аудитор СП Сергей Рябухин в своем заключении фактически согласился с выводами следствия о незаконности предоставления кредита и несвоевременном возврате средств в бюджет, а также установил, что документы по кредитам пяти компаниям были уничтожены минфином края в 2009 году. Дальнейших публичных выводов из этого краевые власти и представители следствия не делали.
Другой скандал общероссийского масштаба вызвало дело заместителя прокурора Нанайского района края Виктора Басова, который был заподозрен краевыми следователями в сексуальном насилии в отношении трех 15-летних школьниц, происходившем в его личном автомобиле и квартире 6 декабря 2009 года. Зампрокурора был задержан в своей квартире, однако в тот же день руководство прокуратуры края отменило постановления о возбуждении дела в отношении Басова как «незаконное, необоснованное, немотивированное и преждевременное» и отпустило прокурорского работника на свободу. Геннадий Фатеев при этом настаивал, что дело должно быть возобновлено. Процессуальный конфликт снова дошел до уровня заместителя генпрокурора Виктора Гриня, который в этот раз, однако, не согласился с краевым прокурором Виталием Каплуновым, и дело Басова, к тому моменту уже уволенного из органов прокуратуры, все же, было возобновлено и в конце концов ушло в суд. Решение по нему еще не вынесено.