15 ноября 2007 года сотрудники ФСБ и СКП РФ задержали заместителя министра финансов Сергея Сторчака, а также председателя совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Вадима Волкова и руководителя ЗАО «Содэксим» (компании-клиента банка) Виктора Захарова. Их обвинили в покушении на хищение денежных средств мошенническим путем в особо крупном размере и злоупотреблении должностными полномочиями. По версии следствия, при реструктуризации долга Алжира РФ Сергей Сторчак, курировавший этот вопрос в Минфине, завысил на $43,4 млн сумму, которая должна была быть выплачена «Содэксиму» (эта компания в 2006 году выкупила часть алжирского долга) через Межрегиональный инвестиционный банк.
16 ноября 2007 года Басманный суд Москвы арестовал задержанных. Впоследствии суд трижды продлевал срок ареста. 23 ноября 2007 года трем фигурантам дела предъявлено официальное обвинение. 17 декабря 2007 года следствие также предъявило обвинение члену совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Игорю Круглякову. Впоследствии его дело выделили в отдельное производство.
3 декабря 2007 года стало известно о возбуждении против господина Сторчака второго уголовного дела — о превышении полномочий в ходе урегулирования долга СССР Кувейту. 5 декабря заместитель генпрокурора Виктор Гринь отменил постановление о возбуждении «кувейтского» дела как необоснованное.
23 апреля 2008 года стало известно о смене руководителя следственной группы. Валерий Хомицкий отказался от руководства следствием по «делу Сторчака» в связи с «большой загруженностью по другим уголовным делам». Его сменил Анатолий Исканцев, в свое время расследовавший нападение на Буденновск в 1995 году.
6 октября 2008 года Сергею Сторчаку, Вадиму Волкову и Виктору Захарову предъявили обвинения в окончательной редакции. Помимо покушения на мошенничество, господина Сторчака обвинили также в злоупотребление должностными полномочиями. 16 октября объявлено о завершении следствия.
21 октября 2008 года Сергея Сторчака и Виктора Захарова неожиданно освободили из-под стражи под подписку о невыезде. Как уточнил СКП, причиной освобождения стал тот факт, что следствие закончено, и обвиняемые больше не смогут повлиять на его ход. После выхода на свободу господин Сторчак продолжил занимать пост заместителя министра финансов.
16 апреля 2009 года следствие убрало из обвинений Сергею Сторчаку ст. 285 УК РФ («Злоупотребление должностными полномочиями»). 2 ноября 2009 года Генпрокуратура отказалась утверждать обвинительное заключение следствия по делу Сергея Сторчака, вернув его СКП.
17 сентября 2010 года защита Сергея Сторчака подала в СКП ходатайство о прекращении уголовного дела. Адвокаты указали, что арбитражный суд принял к рассмотрению иск «Содэксима» о признании Минфином долга в $43,4 млн. В случае его удовлетворения решение арбитражного суда станет основанием для прекращения уголовного преследования замминистра. СКП ходатайство отклонил и потребовал от господина Сторчака не затягивать ознакомление с материалами его уголовного дела.
29 октября 2010 года следственный комитет сообщил, что завершил расследование уголовного дела господина Сторчака, направив его на утверждение в прокуратуру.