6 апреля 2000 года в Архангельской области (Котлас) упал МиГ-31, принадлежащий 458-му гвардейскому истребительному авиаполку. При посадке в сложных метеоусловиях он коснулся земли до начала взлетно-посадочной полосы. От удара сломалась правая основная стойка шасси, самолет сошел с полосы, перевернулся и загорелся. Кабина пилотов зарылась в грунт. Погиб один из пилотов. Причина ЧП — ошибка пилотирования. Экипаж: полковник Геннадий Машевский, майор Евгений Строителев.
28 февраля 2001 года в Мурманской области (Мончегорск) упал МиГ-31, принадлежащий 174-му гвардейскому истребительному авиаполку. Отказала энергосистема, возник пожар правого двигателя с последующим отказом гидросистемы, но горящий самолет успешно приземлился. Никто не пострадал. Причина ЧП — техническая неисправность. Экипаж: подполковник Михаил Сатановский, майор Владимир Овченков.
22 марта 2001 года в Астраханской области (35 км северо-восточнее Ахтубинска) упал МиГ-29УБ, принадлежащий 929-му Государственному летно-испытательному центру. У самолета загорелся правый двигатель. Никто не пострадал. Причина ЧП — техническая неисправность. Экипаж: полковник С. Серегин, майор А. Воропаев.
19 июня 2003 года в Краснодарском крае (Армавир) упал МиГ-29УБ, принадлежащий 713-му учебному авиаполку. Экипаж не заметил утечки топлива в полете, и после полной выработки горючего произошла остановка двигателей. Никто не пострадал. Причина ЧП — ошибка пилотов. Экипаж: майор Александр Тарасов, курсант Сергей Шаповалов.
2 июля 2003 года в Мурманской области упал МиГ-25РБ, принадлежащий 98-му гвардейскому разведывательному авиаполку. Пилот катапультировался после взлета, так как произошло ложное срабатывание сигнализации об отказе двигателя. Никто не пострадал. Причина ЧП — ошибка пилота. Экипаж: майор Александр Рябов.
14 октября 2003 года в Тверской области (пос. Боровая) упал МиГ-31, принадлежащий 3958-й гвардейской авиабазе. При облете после ремонта сработал сигнализатор пожара правого двигателя, при попытке аварийной посадки упали обороты работающего правого двигателя, отказала гидросистема, и самолет дал недопустимо большой крен в 15%, после чего экипаж катапультировался. Никто не пострадал. Причина ЧП — техническая неисправность. Экипаж: майор Андрей Еремин, майор Олег Гутыркин.
12 ноября 2003 года в Армении (гора Урасар) упал МиГ-29, принадлежащий 3624-й авиабазе. При выполнении фигур высшего пилотажа самолет вошел в штопор и упал (другая версия — отказ техники). Погиб один человек, причины ЧП неизвестны.
27 января 2004 года в Ростовской области (Зерноград) упал МиГ-29, принадлежащий 31-му гвардейскому истребительному авиаполку. Пилот (командир 51-го корпуса ПВО), включая при посадке фары, случайно убрал шасси и катапультировался при касании земли. Никто не пострадал. Причина ЧП — ошибка пилотирования. Экипаж: генерал-лейтенант Юрий Комиссаров.
12 мая 2005 года в Тверской области (Андреаполь) упал МиГ-29 28-го гвардейского истребительного авиаполка. Пилот на предельно малой высоте попытался выполнить не предусмотренную летным заданием фигуру высшего пилотажа «бочка», допустил отклонения от установленной техники пилотирования и врезался в землю. Пилот погиб. Причина ЧП — ошибка пилотирования. Экипаж: майор Валерий Гусев.
1 июня 2005 года в Тверской области (Хотилово) упал МиГ-31ДЗ 790-го истребительного авиаполка. При посадке из-за заводских дефектов разрушилась левая основная стойка шасси, самолет развернуло, он разрушился и загорелся. Никто не пострадал. Причина ЧП — техническая неисправность. Экипаж: майор Олег Заболотный, капитан Александр Абушенков.
27 июля 2006 года в Пермском крае (Большое Савино) упал МиГ-29УБ пилотажной группы «Стрижи» 237-го гвардейского центра показа авиационной техники. Попадание птиц в оба двигателя при взлете вызвало помпаж, экипаж катапультировался. Причина ЧП — столкновение с птицами. Экипаж: полковник Николай Дятел, полковник Игорь Куриленко.
21 марта 2007 года в Ростовской области (Миллерово) упал МиГ-29 19-го гвардейского истребительного авиаполка. Столкновение в пикировании. Никто не пострадал. Причина ЧП — ошибка пилотирования. Экипаж: подполковник Фахрадин Ульфанов, майор Денис Чиркин.
В апреле 2008 года упал МиГ-31 712-го гвардейского истребительного авиаполка. В полете на высоте 16 км и скорости 2500 км/ч сорвало фонарь кабины. Экипаж успешно совершил аварийную посадку. Причина ЧП — техническая неисправность. Никто не пострадал. Экипаж: подполковник Владимир Приходько, подполковник Константин Козицкий.
17 октября 2008 года в Читинской области (с. Хадакта) упал МиГ-29 120-го истребительного авиаполка. Разрушение киля в воздухе из-за коррозии и усталостных трещин. Никто не пострадал. Причина ЧП — техническая неисправность. Экипаж: капитан Михаил Полоротов.
5 декабря 2008 года в Читинской области (пос. Ингода) упал МиГ-29 120-го истребительного авиаполка. Разрушение киля в воздухе из-за коррозии и усталостных трещин. Пилот погиб, причины ЧП — техническая неисправность. Экипаж: подполковник Валерьян Кокарев.
10 марта 2010 года в Архангельской области (Котлас) упал МиГ-31 6959-й авиабазы (или 458-го гвардейского истребительного авиаполка). При посадке самолет попал в плотный снежный заряд, сошел с полосы, зацепился правым крылом за снежный бруствер и перевернулся, сломав левое крыло и левый киль. В перевернутом самолете сработали пороховые ускорители катапульт. Штурману удалось покинуть самолет самостоятельно, пилота пришлось извлекать спасателям. Никто не пострадал. Причина ЧП — ошибка пилотирования. Экипаж: лейтенант Егоров, капитан Воробей.