В РФ контроль над финансовой системой осуществляет множество ведомств — Федеральная служба по финансовым рынкам (ФСФР), Федеральная служба страхового надзора (ФССН), Центральный банк (ЦБ), Федеральная служба по финансовому мониторингу (Росфинмониторинг), Федеральная антимонопольная служба (ФАС). Единый мегарегулятор призван принять на себя значительную часть их контрольных функций.
В ноябре 2003 года создание финансового мегарегулятора обсуждалось на заседании правительства, по итогам которого Минэкономразвития, Минфину, ЦБ и Федеральной комиссии по ценным бумагам было поручено представить свои предложения по этому вопросу.
В марте 2004 года первым шагом по реализации данной инициативы стало создание Федеральной службы по финансовым рынкам (ФСФР). Предполагалось, что мегарегулятор сформируют на ее основе и подчинят Госдуме. 15 февраля 2006 года правительство в целом утвердило соответствующую концепцию ФСФР, однако идея независимости института от исполнительной власти была отвергнута. В ноябре 2006 года законопроект о мегарегуляторе был внесен в нижнюю палату депутатом Валерием Зубовым. Однако он получил отрицательное заключение Минюста и в октябре 2008 года был отклонен в первом чтении.
В мае 2007 года противоречия внутри правительства по вопросу о централизации контрольных функций на финансовых рынках и полномочиях нового органа заблокировали процесс обсуждения и привели к отставке с поста главы ФСФР главного лоббиста создания мегарегулятора Олега Вьюгина. Пришедший ему на смену Владимир Миловидов заявил, что служба «уже сейчас является мегарегулятором». В сентябре 2007 года против создания единого органа выступило Минэкономразвития, а в апреле 2008 года «более осторожно» подходить к этой проблеме призвал вице-премьер, министр финансов Алексей Кудрин.
Интерес к мегарегулятору вновь появился в ходе мирового финансового кризиса. В апреле 2009 года о возможности создания этого института заявил помощник президента Аркадий Дворкович. В сентябре 2009 года законопроект о мегарегуляторе повторно внесла в Госдуму группа депутатов «Справедливой России», однако и на этот раз он был отклонен в первом чтении 26 марта 2010 года.