В Москве расположен крупнейший в России железнодорожный узел, общий для 10 радиальных направлений. В него входят 9 сортировочных станций и 11 грузовых дворов, обрабатывающих местные и транзитные грузы. Грузооборот железнодорожного транспорта в 2009 году составил 70 млн т (в 2001 году — 89,5 млн т).
Автомобильный грузооборот в Москве в 2009 году достиг 73,8 млн т (в 2001 году — 56,5 млн т). Также в столице работают 11 таможенных складов, включенных в реестр ФТС. Их общая площадь — более 14 тыс. кв. м, объем обрабатываемых грузов не раскрывается.
Город обслуживают четыре аэропорта (аэропорт Быково прекратил работу 1 ноября 2010 года). Грузооборот здесь в 2009 году составил 260 тыс. т (включая почтовые отправления), в 2001 году — 360 тыс. т.
В столице также расположены три речных порта, однако порт пяти морей не может похвастаться большим грузооборотом на воде. У Северного речного порта в 2006 году было 3,29 млн т, у Южного — 1,18 млн т. Помимо перевалки грузов (в основном стройматериалы) порты сдают в аренду складские помещения. В 2009 году власти города договорились с инвесторами о реконструкции Западного речного порта, который будет преобразован в логистический центр ММДЦ "Москва-Сити" площадью 240 тыс. кв. м.