21 июня 2005 года потерпели аварии запущенная из Плесецка ракета-носитель "Молния-М" с военным спутником связи "Молния-3К" и стартовавшая с борта атомной подлодки "Борисоглебск" ракета-носитель "Волна" со спутником "Космос-1", оснащенным "солнечным парусом".
8 октября 2005 года упал в Северный Ледовитый океан европейский спутник CryoSat, запущенный ракетой-носителем "Рокот".
28 февраля 2006 года из-за аварии разгонного блока "Бриз-М" ракете-носителю "Протон-М" не удалось доставить на заданную орбиту арабский спутник связи ArabSat-4A.
29 марта 2006 года отключился спутник связи "Экспресс-АМ11", поврежденный космическим мусором. Позже были потеряны два аналогичных аппарата: в апреле 2009 года — "Экспресс-АМ2", в апреле 2010 года — "Экспресс-АМ1".
6 сентября 2007 года из-за отказа рулевых машин второй ступени упал "Протон-М" с японским спутником связи JCSat-11.
15 марта 2008 года "Протон-М" не вывел на орбиту американский спутник связи AMC-14. Авария произошла из-за отказа двигателя разгонного блока "Бриз-М".
26 января 2009 года на коллегии Роскосмоса объявлено о потере спутника "Персона", с помощью которого военные могли впервые с 2001 года получить оперативные снимки Земли и на который, по некоторым данным, потратили около 5 млрд руб. Аппарат вышел на орбиту 26 июля 2008 года, но не заработал.
22 мая 2009 года спутник связи "Меридиан-2" выведен "Союзом-2.1a" на нерасчетную орбиту. Причиной стала преждевременная отсечка тяги двигателей третьей ступени.
В декабре 2009 года Россия потеряла единственный научный спутник — солнечную обсерваторию "Коронас-Фотон", запущенную в январе. Причиной провала проекта, на который, согласно сайту госзакупок, выделялось 173 млн руб., назвали переоценку ресурса аккумуляторов.
18 июля 2010 года "Протон-М" при перевозке попал в железнодорожную аварию, из-за чего запуск трех спутников ГЛОНАСС был отложен на два месяца.
Все эти не мешало главе Роскосмоса Анатолию Перминову строить дальнейшие амбициозные планы. В июне 2006 года он заявил о грядущих в 2020 году пилотируемых полетах на Марс и Луну, а в сентябре 2010 года — о возвращении к идеям хрущевских времен о запуске в космос кораблей с ядерными ракетными двигателями.