«Никто не вспоминает, к сожалению, о том, что в местах лишения свободы находится один из руководителей службы безопасности компании “ЮКОС”... Ясно, что он действовал в интересах и по указанию своих хозяев. А как действовал? Там только доказанных убийств — пять... Но, разумеется, судьба каждого человека, находящегося в местах лишения свободы, в любом случае должна быть подчинена действующему в России законодательству. В соответствии с этим законом государство и будет действовать» (3 декабря 2009 года в ходе «прямой линии» с россиянами).
«Он несет заслуженное наказание. Выйдет на волю — будет свободным человеком. Нет, я уж точно не загонял его в угол. Я когда узнал о втором процессе, очень удивился, спросил, что за процесс, он ведь уже сидит свое. Какой второй процесс? Но если такой процесс идет, значит, в этом есть необходимость с точки зрения закона. Не я веду это дело!» (30 августа 2010 года в интервью газете «Коммерсантъ» на трассе Хабаровск-Чита).
«Это дело судебное, не буду вмешиваться, но у этого человека кровь на руках» (6 сентября 2010 года во время встречи с участниками форума «Валдай» в Сочи, слова переданы СМИ польским журналистом Адамом Михником).
«Я так же, как известный персонаж Владимира Высоцкого, считаю, что вор должен сидеть в тюрьме... То обвинение, которое ему предъявляют сейчас, там счет идет уже на сотни миллиардов рублей: там 900 в одном случае, во втором случае 800 млрд рублей, тоже хищение. Если мы посмотрим практику других стран, господин Мэдофф в США получил за аналогичное преступление, да и деньги примерно такие же, 150 лет лишения свободы. У нас, по-моему, гораздо все либеральнее смотрится. Тем не менее, мы должны исходить из того, что преступления господина Ходорковского в суде доказаны... Так что есть суд, он у нас, как известно, один из самых гуманных в мире, это его работа. Я исхожу из того, что доказано судом» (16 декабря 2010 года в ходе «прямой линии» с россиянами).