26 апреля в одном из первых заявлений на посту председателя Счетной палаты Сергей Степашин подчеркнул, что намерен "заняться формированием бюджета и межбюджетных отношений", то есть тем, чем всегда занималось правительство.
7 июня Степашин предложил Путину расширить полномочия Счетной палаты, которая должна стать не парламентским, а независимым органом. Он предложил, чтобы Минфин ежедневно присылал ему отчеты по всем операциям с бюджетными счетами, и потребовал права безакцептного списания бюджетных средств в пользу бюджетополучателей и наоборот.
В течение июня Степашин подписал соглашения о взаимодействии с налоговой полицией, прокуратурой, ФСБ и МВД.
13 июля Счетная палата заявила, что в 1992 году во время приватизации РАО "ЕЭС России" 15% ее акций были незаконно скуплены иностранцами.
2 августа начата проверка "Газпрома".
25 августа после встречи с Путиным Степашин заявил, что правительство сначала будет докладывать бюджет Счетной палате, а затем Госдуме.
1 сентября аудиторы Счетной палаты, проверявшие РАО ЕЭС, пришли к выводу, что никаких претензий к Чубайсу нет, а в приватизационных нарушениях виновно правительство.