В ноябре 2007 года, спустя месяц после начала работы следственного комитета (СК), Генпрокуратура разработала законопроект об изъятии у него права расследования преступлений небольшой и средней тяжести (60% всех дел). В декабре заместитель генпрокурора Виктор Гринь издал приказ о проведении проверки комитета. Глава СК Александр Бастрыкин заявил, что проверка нацелена только "на поиск компрометирующих фактов".
Одновременно Генпрокуратура начала заступаться за двух нерядовых подследственных — сотрудника ФСКН Александра Бульбова (в итоге получил условный срок) и заместителя министра финансов Сергея Сторчака (дело закрыто за отсутствием события преступления).
31 января 2008 года на Всероссийском совещании следственных органов генпрокурор Юрий Чайка объявил о выявлении 23 тыс. случаев необоснованных отказов следователей в возбуждении уголовных дел. Позже представители обоих ведомств неоднократно указывали на снижение показателей работы друг друга.
5-7 мая 2008 года следственный комитет освободил двух обвиняемых в соучастии в убийстве обозревателя "Новой газеты" Анны Политковской. Решение было принято без уведомления Юрия Чайки, который лично курировал это дело. В итоге дело развалилось в суде.
12 мая 2008 года господин Бастрыкин возобновил дело в отношении первого заместителя генпрокурора Александра Буксмана. Расследование велось в 2005-2006 годах на основании заявления юриста Инны Ермошкиной, обвинявшей господина Буксмана в превышении полномочий. В июне 2008 года Юрий Чайка отменил распоряжение главы следственного комитета.
18 декабря 2009 года Александр Буксман, исполнявший обязанности генпрокурора, уволил главу следственного управления СК по Москве Анатолия Багмета "за нарушение присяги". Вернувшийся из командировки Юрий Чайка отменил этот приказ, поручив принять кадровое решение господину Бастрыкину. В августе 2010 года господин Багмет был повышен до заместителя руководителя главного управления криминалистики СКП.
23 сентября 2010 года президент Дмитрий Медведев поддержал давнюю идею Александра Бастрыкина, объявив о создании самостоятельного следственного комитета и выводе его из подчинения Юрия Чайки.