20 июля 2005 года президент Владимир Путин заявил о недопустимости "финансирования неправомерной политической деятельности" из-за рубежа при помощи НКО. Уже 23 ноября Госдума приняла в первом чтении поправки к законам "Об общественных объединениях" и "О некоммерческих организациях", которые ужесточали правила регистрации и деятельности НКО. В частности, было предусмотрено расширение перечня оснований для отказа в регистрации, властям разрешалось запрашивать финансовые документы и проверять соответствие расходов уставным целям.
Законопроект вызвал жесткую реакцию на Западе и среди представителей гражданского общества в России. После предложения Владимира Путина "учесть мнение общественности" в принятый окончательно 23 декабря 2005 года закон были внесены незначительные послабления. Первыми испытали на себе действие нового закона зарубежные и международные НКО, которые должны были перерегистрироваться до 18 октября 2006 года. Из-за проблем с регистрацией временно прекращали работу в России известные правозащитные организации — Human Rights Watch, Amnesty International, "Врачи без границ" и другие. Всего из 250 тыс. НКО за два года не смогли перерегистрироваться 70 тыс.
В 2007 году начата либерализация законодательства. В апреле упростили отчетность для религиозных организаций, а в ноябре из-под действия закона были выведены товарищества собственников жилья, садоводческие, огороднические и дачные некоммерческие объединения граждан.
15 апреля 2009 года президент Дмитрий Медведев вновь заявил о необходимости правки закона об НКО, заявив, что он "не является идеальным". В июле 2009 года депутаты Госдумы одобрили президентские поправки, упростившие отчетность для действующих НКО и облегчившие условия для регистрации новых. В апреле 2010 года в России Дмитрий Медведев подписал закон о введении института "социально ориентированных НКО", которым органы государственной власти и местного самоуправления в приоритетном порядке должны оказывать экономическую поддержку. В декабре 2010 года ряд НКО получили налоговые льготы.