В 2004 году правительство Башкирии и УГМК-Холдинг подписали соглашение, по которому в доверительное управление УГМК были переданы госпакеты акций ОАО «Башкирский медно-серный комбинат», ЗАО «Бурибаевский ГОК», ОАО «Хайбуллинская горная компания».
В 2006 году соглашением между сторонами предусматривалось проектирование и строительство УГМК сталепрокатного завода мощностью до 600 тыс. т стали и 545 тыс. т проката в год в Агидели. Строительство завода должно было завершиться в 2008 году. Инвестиции оценивались в $386 млн. О судьбе проекта не сообщается.
В июле 2006 года УГМК приобрел 50% ООО «Башкирская медь», которому принадлежит право пользования недрами Юбилейного месторождения медно-колчеданных и бурожелезняковых золотосодержащих руд и медно-кобальтовых руд на Дергамышском месторождении.
В конце 2005 года прокуратура Башкирии по заявлению УФНС возбудила уголовное дело по факту причинения БМСК имущественного вреда путем обмана или злоупотребления доверием. Налоговики сочли, что после передачи активов в доверительное управление УГМК башкирский комбинат увеличил налоговую задолженность. Прокуратура также подозревала УГМК в выводе активов БМСК и преднамеренном банкротстве компании. Банкротство вводилось по заявлению ООО “Торговый дом «Уралпромснаб»», ООО УК «ВЗЦЛ» и ЗАО «Триалл». Впоследствие долги ВЗЦЛ в размере 450 млн руб. выкупил УГМК.
Гендиректор УГМК Андрей Козицын тогда называл уголовное дело «нечистоплотной игрой» с целью «дискредитировать компанию в глазах бизнес-сообщества и правительства Башкирии» („Ъ“ писал об этом 28 ноября 2005 года). В октябре 2006 года дело было закрыто за отсутствием состава преступления.
В последний раз правительство Башкирии и УГМК договаривались в мае 2010 года: УГМК взяло на себя обязательство профинансировать социальную сферу башкирского Зауралья на 150 млн руб. Параметры других договоренностей не разглашались.