23 января 2006 года Михаил Ходорковский попросил признать незаконным пункт 83 Правил внутреннего распорядка исправительных учреждений, согласно которому осужденный мог встречаться со своими адвокатами не более четырех часов в нерабочее время. 2 марта того же года Верховный суд признал Правила внутреннего распорядка исправительных учреждений незаконными, а 25 мая отклонил жалобу Генпрокуратуры на это решение.
18 февраля 2011 года Верховный суд по жалобе адвокатов отменил постановление президиума Мосгорсуда, обязав его вновь рассмотреть вопрос о законности продления Хамовническим судом ареста Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву, с тем чтобы они мотивировали отказ в применении статьи 108 Уголовно-процессуального кодекса. Согласно ранее принятым президентским поправкам к Уголовному кодексу РФ, обвиняемые в преступлениях, совершенных в ходе предпринимательской деятельности, не должны содержаться под стражей до суда.