Главный санитарный врач, глава Роспотребнадзора Геннадий Онищенко во многом стал известен благодаря введению ряда запретов, вызвавших широкий общественный резонанс.
15 декабря 2000 года главный санитарный врач издал постановление, которое ужесточало контроль над производством пива, запрещало его продажу лицам моложе 18 лет, и ограничивало крепость напитка 6%. 20 марта 2001 года постановление отменено.
20 января 2005 года он подписал постановление об ограничении торговли энергетическими напитками и запретил продажу слабоалкогольных энергетиков в ночных клубах.
14 марта 2006 года господин Онищенко предложил ряд мер по борьбе с птичьим гриппом, в частности, запретить охоту на птиц. Также он предлагал в крупных городах «нещадно уничтожать» ворон, а диким голубям и уткам сделать прививки. Впрочем, эти инициативы так и не были претворены в жизнь.
В марте 2006 года Геннадий Онищенко заявил о выявлении повышенного содержания пестицидов и железа в грузинских и молдавских винах. 27 марта 2006 года Росприроднадзор ввел запрет на ввоз спиртного из этих стран. В отношении грузинского алкоголя он действует до сих пор. Поставки молдавского вина возобновились в ноябре 2007 года, с тех пор по указанию господина Онищенко они неоднократно прерывались.
15 апреля 2006 года господин Онищенко заявил о несоответствии санитарным нормам минеральной воды «Боржоми» и решил заняться качеством воды «серьезно и целенаправленно». 7 мая 2006 года ведомство ввело запрет на продажу «Боржоми» в России, который действует до сих пор.
В июне 2009 года господин Онищенко оказался в центре «молочной войны» с Минском, когда по его распоряжению из-за несоответствия новому техрегламенту был запрещен ввоз около 1,5 тыс. наименований молочной продукции из Белоруссии. Поставки возобновились через месяц, когда Минск выполнил санитарные требования российской стороны.
В конце июля 2009 года Геннадий Онищенко из-за случаев заражения H1N1 распорядился о запрете выезда детских групп в Великобританию, а затем предложил полностью запретить детским группам выезжать за пределы России. Его инициатива вызвала громкий протест правозащитников, которые усмотрели в решении главного санитарного врача ущемление прав человека.
1 января 2010 года Геннадий Онищенко запретил поставки в Россию американской курятины из-за использования производителями мяса хлора при обработке кур. 24 июня президенты Дмитрий Медведев и Барак Обама договорились о возвращении курятины из США на российский рынок.
В апреле 2010 года возглавляемый господином Онищенко Роспотребнадзор отказал компании Nestle в разрешении на поставку на российский рынок детского питания. По словам господина Онищенко, отказ был вызван «ослаблением технологической дисциплины при производстве продукции». В дальнейшем, уже после выполнения всех предписаний ведомства компанией, Геннадий Онищенко обвинял Nestle в «грубых нарушениях санитарного законодательства».
3 ноября 2010 года глава Роспотребнадзора заявил о необходимости полного запрета в России продажи замороженного мяса птицы с 1 января 2011 года. Позже он скорректировал свою позицию, пообещав запретить замороженное мясо только при производстве деликатесных и диетических продуктов.
2 июня 2011 года согласно постановлению господина Онищенко Россия ввела временный запрет на ввоз свежих овощей из всех стран Евросоюза из-за распространившейся в Европе неизвестной кишечной инфекции. ЕС выразил протест по этому поводу и попросил отменить решение Роспотребнадзора.