Первый Петербургский международный экономический форум (ПМЭФ) состоялся в Таврическом дворце 18-20 июня 1997 года. Его организатором была Межпарламентская ассамблея СНГ, а инициатором — Совет федерации России и его руководитель Егор Строев. В форуме приняли участие около 1,5 тыс. человек, представлявших более 50 стран мира. Главным итогом стало решение о предоставлении Россией госкредита Белоруссии на 500 млрд неденоминированных руб. ($87 млн). Ожидавшиеся на форуме премьер Виктор Черномырдин и его первый зам Анатолий Чубайс в Петербург так и не приехали.
С этого времени ежегодный июньский форум в Санкт-Петербурге стал конкурентом Российского экономического форума в Лондоне, который с 1997 года каждый апрель проводила компания Eventica бизнесмена Сергея Колушева. В 1998 году мероприятие в Санкт-Петербурге посетили премьер Сергей Кириенко и президент Белоруссии Александр Лукашенко, а в 1999 году — глава правительства Сергей Степашин и руководитель МВФ Мишель Камдессю, которые вели переговоры о выдаче России кредита, но договориться не смогли. Число участников Петербургского форума при этом год от года росло незначительно, к 2000 году достигнув 2,2 тыс. человек.
В 2001 году статус мероприятия существенно повысился — президент Владимир Путин объявил его главным экономическим форумом СНГ. Форум прошел под девизом: «XXI век: инновационное развитие во благо человека», участие в нем приняли премьер-министр Чехии Милош Зееман и представители руководства МВФ и МБРР.
В 2005 году форум впервые посетил президент России. Владимир Путин прибыл в сопровождении первого вице-премьера Дмитрия Медведева и министра экономического развития и торговли Германа Грефа. По такому случаю в Петербург прибыли 25 министров и 7 глав парламентов различных стран мира, а также 17 российских и 10 зарубежных глав регионов. На посту президента Владимир Путин не пропустил больше ни одного ПМЭФ, а в 2008 году уступил право принимать гостей своему преемнику Дмитрию Медведеву. Сам господин Путин на форуме больше не появлялся, в отличие от большинства членов правительства РФ.
В 2006 году в Петербург прибыли президенты Сербии, Словении, Латвии и Финляндии. Организатором форума, который состоялся незадолго до питерского саммита «Большой восьмерки», впервые выступило Министерство экономического развития и торговли РФ, которое пообещало сделать из него мероприятие «мирового уровня». Новым местом его проведения стал комплекс «Ленэкспо».
В апреле 2007 года в СМИ появилась информация о том, что из Кремля поступила рекомендация госчиновникам и крупным бизнесменам отказаться от участия в лондонском форуме и предпочесть Санкт-Петербург. Официально этого не подтверждали, однако в результате самым высокопоставленным чиновником, выступившим на Лондонском форуме в 2007 году, стал премьер-министр Татарии Рустам Минниханов. Под разными предлогами мероприятие не посетили глава «Роснефти» Сергей Богданчиков, глава РАО «ЕЭС» Анатолий Чубайс, президент Альфа-банка Петр Авен, совладелец «Интерроса» Михаил Прохоров и другие бизнесмены. После этого Лондонский форум переформатировался в бизнес-конференцию, а представительность ПМЭФ значительно возросла. В официальной программе форума-2007 приняли участие уже более 8 тыс. человек из 76 стран. Было заключено около 30 соглашений на $13,5 млрд.
Каждый следующий форум приносил новые крупные контракты: в 2008-м группа ПИК заключила соглашение о строительстве жилого комплекса в Петербурге ($3 млрд), в 2009-м «РусГидро» заключила инвестиционный контракт на строительство в Якутии Канкунской ГЭС ($2 млрд), в 2010-м Роскосмос договорился о поставке Франции 10 кораблей «Союз» ($535 млн).
К 2010 году форум стал главной площадкой в СНГ для заключения инвестиционных контрактов. Участники ПЭМФ-2010 подписали 18 контрактов на 275,6 млрд руб., четыре соглашения о слиянии на 60 млрд руб. и 25 меморандумов о намерениях.