26 ноября 1994 года верховным советом Абхазии первым президентом самопровозглашенной республики был избран Владислав Ардзинба. До этого он с 1990 года возглавлял Абхазию в должности председателя верховного совета.
3 октября 1999 года состоялись первые всенародные президентские выборы. Они проходили на безальтернативной основе — единственным кандидатом был Владислав Ардзинба. По официальным данным, при явке в 87% он набрал 99% голосов.
В выборах 3 октября 2004 года приняли участие пять кандидатов: поддерживаемый Россией преемник уходящего президента Ардзинбы премьер-министр республики Рауль Хаджимба, глава компании "Черноморэнерго" Сергей Багапш, экс-глава МИД Абхазии Сергей Шамба, бывший премьер Анри Джергения и председатель Народной партии Якуб Лакоба. Явка составила 60%. 12 октября ЦИК объявил о победе господина Багапша, набравшего 50,08% голосов. Господин Хаджимба не признал поражение, противостояние привело к массовым выступлениям в стране. Конфликт был улажен 6 декабря, когда при посредничестве России противники договорились вместе участвовать новых выборах. 12 января 2005 года Сергей Багапш выступил в качестве кандидата в президенты, а Рауль Хаджимба — в вице-президенты. Тандем набрал 91,5% голосов при явке 58%.
12 декабря 2009 года господин Багапш был переизбран президентом, набрав 61,16%. Его ближайший преследователь Рауль Хаджимба, получивший 15,32%, заявил о нарушениях и вновь не признал итоги выборов. Выводить своих сторонников на улицы он не стал, заявив, что "никто не хочет крови". В выборах также участвовали гендиректор Абхазского морского пароходства Заур Ардзинба, владелец телекомпании "Абаза ТВ" Беслан Бутба и доктор философии и экономики Виталий Бганба. Явка составила 73,4%.