Первый после Октябрьской революции Андреевский флаг был поднят на ЧФ в апреле 1992 года в соединении спасательных судов поисково-спасательной службы, базировавшемся в Стрелецкой бухте Севастополя. Инициатором подъема флага был тогдашний командующий ЧФ адмирал Игорь Касатонов. Перед этим он заявил, что ЧФ должен быть российским. В то же время украинское руководство пыталось склонить черноморцев к принятию украинской присяги. Правда, поднявшие Андреевский флаг суда юридически оставались "советскими", поскольку удостоверения на право подъема флага не переоформлялись и содержали разрешение лишь на подъем флага ВМФ СССР.
В мае 1993 года, когда флотом уже командовал адмирал Эдуард Балтин, около 200 кораблей ЧФ без команды штаба флота подняли Андреевские флаги. Командование флота тогда обвинило Киев в проведении "сознательного планомерного курса на обострение ситуации на ЧФ". Флот находился в тот момент под совместной юрисдикцией России и Украины, а командующий подчинялся двум президентам. В конце концов Балтин отдал приказ поднять на кораблях советские военно-морские флаги.