11 августа 2005 года в Хитроу началась акция протеста наземного персонала British Airways. Свыше тысячи сотрудников авиакомпании не вышли на работу в знак солидарности с более чем 600 членами того же профсоюза, уволенными ранее из кейтеринговой компании Gate Gourmet, обслуживающей рейсы BA. Аэропорт вернулся к нормальной работе 16 августа. Акция протеста нарушила планы 100 тыс. пассажиров, ущерб самой авиакомпании оценивается в €40 млн ($72,5 млн).
10 августа 2006 года после раскрытия британскими спецслужбами заговора террористов, готовящих взрывы на трансатлантических рейсах, Хитроу был временно закрыт практически для всех прибывающих рейсов. Исключение сделали лишь для самолетов, бывших в воздухе на момент объявления тревоги. Введенные после этого дополнительные меры безопасности привели к огромным очередям и задержкам рейсов.
17 января 2008 года работа лондонского аэропорта была нарушена из-за инцидента Boeing 777, который не вписался в полосу при посадке. Никто не погиб, однако из-за блокировки ВПП было отменено свыше 50 рейсов, многие задержаны. Британский премьер Гордон Браун не смог вовремя начать свой визит в Китай.
27 марта 2008 года, сразу же после открытия нового пятого терминала, на строительство которого ушло 20 лет и €4,3 млрд ($8,6 млрд), произошел сбой автоматизированной системы регистрации багажа. В результате за первые четыре дня его работы было отменено 400 рейсов и в аэропорту скопилось более 20 тыс. единиц багажа. По оценкам экспертов Citibank, из-за сбоя авиакомпания British Airways потеряла €25 млн.
В марте и мае 2010 года бортпроводники British Airways провели ряд забастовок, протестуя против планов компании уменьшить число членов экипажей дальних рейсов и сократить фонд оплаты. Акции привели к отмене сотен рейсов в Хитроу.
С 15 по 20 апреля 2010 года работа аэропорта была вынужденно остановлена из-за облака пепла, вызванного извержением исландского вулкана Эйяфьятлайокюдль. По данным Управления британских аэропортов, убытки от закрытия лондонского неба составили €28 млн ($42,5 млн).
18 декабря 2010 года руководство Хитроу приняло решение о закрытии аэропорта из-за сильнейшего снегопада. Работа была полностью возобновлена лишь 22 декабря, за это время отменили 4 тыс. рейсов. Сообщалось, что из-за инцидента менеджмент аэропорта отказался от годовых бонусов, также было выделено €10 млн на закупку снегоуборочного оборудования.