За время нахождения на посту губернатора Архангельской области Илья Михальчук оказался фигурантом ряда скандалов.
В мае 2008 года на выборах мэра Архангельска активно поддерживаемый Ильей Михальчуком кандидат Виктор Павленко первоначально проиграл московскому предпринимателю Ларисе Базановой. Тем не менее после пересчета голосов горизбирком признал победу за "губернаторским" кандидатом.
В марте 2010 года премьер-министр Владимир Путин потребовал от губернатора доложить о долгах по зарплате бюджетникам в регионе. Илья Михальчук сначала заявил, что задолженности нет, а потом, что "готов проверить". Премьер констатировал, что он не готов ответить на вопрос, и поручил "разобраться".
В сентябре 2010 года депутаты облсовета от КПРФ подготовили обращение к президенту Медведеву с требованием о досрочной отставке губернатора, обвинив его в коррупционных скандалах в областном правительстве, падении экономических показателей и кадровой политике, основанной "на кумовстве и блате". Для урегулирования конфликта в область приезжали чиновники администрации президента и кураторы региона из "Единой России".
В мае 2011 года в Архангельске прошел митинг с требованием отставки губернатора и снижения тарифов ЖКХ. Формальным организатором выступили журналисты информагентства "Руснорд", однако в листовках как организатор был указан "Народный фронт". Аналогичные митинги неоднократно проводили архангельские коммунисты.
В октябре 2011 года на совещании по проблемам ЖКХ президент Дмитрий Медведев поручил полпреду в СЗФО Николаю Винниченко проанализировать работу администрации Архангельской области в этой сфере в связи с многочисленными скандалами. "Я вообще не понимаю, что там происходит. Где там губернатор? Есть он там или нет?" — заявил глава государства.
В ноябре 2011 года в очередном рейтинге политической выживаемости губернаторов Илья Михальчук был назван первым кандидатом на отставку. Эксперты, в частности, посчитали, что его невключение в избирательный список "Единой России" связано с "антигубернаторскими настроениями" в регионе.