С апреля 2005 года МВД, а затем Генпрокуратура расследовали дело по факту контрабанды через дальневосточные таможни китайского ширпотреба, который шел на Черкизовский рынок. В организации контрабанды подозреваются экс-сенатор Игорь Иванов, бывший депутат парламента Приморского края Геннадий Лысак и еще десять человек, многие их которых скрылись. Расследование завершено в 2008 году, но рассмотрение дела в суде пока не началось.
15 мая 2008 года Мосгорсуд приговорил к срокам от двух лет до пожизненного восемь националистов, организовавших теракт на рынке в 2006 году. Тогда погибли 14 человек.
8 сентября 2008 года Мосгорсуд признал командира роты ДПС Сергея Богородицкого виновным в организации сопровождения к рынку машин с контрабандой. Он получил 7,5 лет колонии строгого режима.
26 июня 2009 года Мосгорсуд вынес приговор экс-главе располагавшегося на рынке офиса МФТ-банка Владимиру Петрушкину. За незаконные переводы за границу средств торговцев он получил два года и два месяца колонии. В 2010 году к различным срокам приговорены десять выходцев из Азербайджана и Таджикистана, создавшие сеть вывода денег за рубеж с "центральным офисом" на Черкизовском рынке.
11 июня 2009 года СК возбудил дело в отношении бывшего ректора Российского университета физкультуры, спорта и туризма Олега Матыцина. По версии следствия, он незаконно выделил земли вуза под Черкизовский рынок. Расследование продолжается.
20 октября 2010 года был задержан глава МВД Бурятии Виктор Сюсюра. Его обвиняют в причастности к контрабанде товаров, продававшихся на рынке. Генерал-майор милиции пробыл в СИЗО до 11 октября 2011 года. Уголовное дело против него находится на доследовании.
В апреле 2011 года при попытке кражи со склада конфискованных на рынке в 2009 году товаров были задержаны десять сотрудников СОБРа ФТС и 38 рабочих из Таджикистана.