Дочерняя структура "Газпрома" по управлению активами в СМИ создана в январе 1998 года. На тот момент газовому монополисту принадлежали 100% телерадиокомпании "Прометей", контрольный пакет газеты "Трибуна", 30% НТВ, 3% ОРТ и около сотни региональных СМИ.
Свои основные активы холдинг получил в 2000-2002 годах от "Медиа-Моста" Владимира Гусинского в ходе его "спора хозяйствующих субъектов" с "Газпромом". Так "Газпром-медиа" получил в собственность телеканал НТВ, спутниковый оператор "НТВ-плюс", "ТНТ-Телесеть", радиостанцию "Эхо Москвы", издательский дом "Семь дней" и другие активы.
В августе 2005 года "Газпром-медиа холдинг" был продан за 37,22 млрд руб. Газпромбанку. В настоящее время 41,73% этого банка принадлежит ОАО "Газпром", а 46,92% контролируется НПФ "Газфонд". Большая же часть пакета "Газфонда" передана в управление компании "Лидер", которая входит в страховую группу СОГАЗ, контролируемую банком "Россия" (крупнейший акционер — Юрий Ковальчук).
Холдинг как избавлялся от ряда активов (например, была закрыта газета "Сегодня" и радиостанция "Спорт FM"), так и приобретал и создавал новые. Одной из крупнейших сделок стало заключенное в сентябре 2009 года соглашение об объединении с Национальной спутниковой компанией (бренд "Триколор ТВ"). В сентябре 2011 года холдинг объявил о готовности продать свои радиостанции, а в октябре продал Next FM (бывшее РДВ) ее гендиректору Юлии Яковлевой.
В настоящее время компания владеет телекомпаниями НТВ, "НТВ-плюс" и ТНТ; радиостанциями "Эхо Москвы", Relax FM, "Первое популярное радио", "Сити FM" и "Детское радио"; издательством "Семь дней", газетой "Трибуна" и телегидом "Панорама TV". Холдинг контролирует кинокомпанию "НТВ-кино", кинотеатры "Октябрь" и "Кристалл Палас", интернет-порталы RuTube.ru и Now.ru. В него также входят ООО "Газпром-медиа" (продажа рекламы), ОАО "Телебазис", ООО "Рекламная компания СМС", ООО "Комстэк" (управление и владение недвижимостью).