На территории республики с начала 2000-х годов действует подпольное террористическое движение "Джамаат "Шариат"", входящее в так называемый "Имарат Кавказ" — объединение боевиков, ставящее целью создание на территории кавказских республик РФ исламистского государства. Правоохранительные органы регулярно сообщают об уничтожении лидеров этого джамаата, именующих себя амирами Дагестана.
6 июля 2005 года в Махачкале в ходе спецоперации убит Расул Макашарипов, на которого власти возложили ответственность за 60 убийств и несколько десятков резонансных терактов.
17 сентября 2007 года после десятичасового боя с помощью трех БМП, четырех бронетранспортеров и танка силовикам удалось сравнять с землей дом в поселке Новый Сулак на окраине Кизилюрта, где скрывался Раппани Халилов — организатор теракта 9 мая 2002 года в Каспийске, унесшего жизни 45 человек.
7 сентября 2008 года ФСБ блокировала в Магарамкентском районе Дагестана машину, в которой находились "командующий дагестанским фронтом" Ильгар Моллачиев и трое его сообщников. Моллачиев был уничтожен выстрелом из подствольного гранатомета.
5 февраля 2009 года сотрудники ФСБ и милиции провели спецоперацию в пригороде Махачкалы Ленинкенте. В ходе штурма дома, где укрывались боевики, был уничтожен амир боевиков Омар Шейхулаев, ответственный за убийства десятков сотрудников правоохранительных органов.
31 декабря 2009 года в Хасавюрте милиционеры попытались остановить для проверки автомобиль ВАЗ-21014. Находившиеся в нем четверо боевиков открыли огонь по сотрудникам правоохранительных органов, ответным огнем все они были уничтожены. Среди погибших опознали лидера джамаата "Шариат" Умалата Магомедова.
21 августа 2010 года спецназ ФСБ ликвидировал в райцентре Гуниб Магомедали Вагабова — организатора терактов на станциях "Парк культуры" и "Лубянка" московского метро, в которых погиб 41 человек.
18 апреля 2011 года на дороге Ташкапур--Хаджалмахи полицейские в перестрелке уничтожили пассажиров автомобилей ВАЗ-2114 и "Лада-Калина", среди которых оказался Исрапил Велиджанов, ответственный за атаку террориста-смертника на полевой лагерь 136-й мотострелковой бригады на военном полигоне Дальний в Буйнакске в сентябре 2010 года.