По оперативным данным Федерального казначейства, в 2011 году суммарный бюджет Сибирского федерального округа (СибФО) исполнялся с дефицитом в 8,7 млрд рублей: при 888 млрд руб. доходов размер расходов составлял 896,7 млрд. При этом СибФО обеспечил 885 млрд руб. налоговых поступлений в консолидированный бюджет России (9,1% от общего объема). Из них 32,1% (284 млрд руб.) пошли в федеральный бюджет, а 67,9% (601 млрд руб.) — в бюджеты субъектов.
Кроме того, Сибирское таможенное управление (СТУ) ФТС в 2011 году перечислило в доход федерального бюджета 63,7 млрд руб. Но указанная сумма — это только непосредственно администрируемые территориальными органами управления сборы (за оформление и прочее). Оценить реальный вклад СибФО в экспорт и генерируемый округом объем поступлений от пошлин при текущей системе организации таможенной статистики невозможно. С 2010 года обложение и учет энергетического экспорта были изъяты из ведения региональных таможенных управлений и переданы Центральной энергетической таможне, а сама ФТС размер полученных платежей в разбивке по регионам не дает. По официальным данным СТУ, объем экспорта из СибФО в 2011 году составил $30,884 млрд. Если исходить из отчета ФТС об итогах внешней торговли за прошлый год в $516 млрд, то удельный вес предприятий СибФО в общем экспорте — 5,96%. Всего ФТС принесла в федеральный бюджет в 2011 году свыше 6 трлн руб., соответственно, теоретически доля Сибири в этих платежах может составлять около 357,6 млрд руб.
В структуре налоговых отчислений почти 50% составляют налоги, идущие в региональные бюджеты: налог на прибыль организаций — 25,5% (226,5 млрд руб.) и НДФЛ — 24% (213,2 млрд руб.). На федеральные НДС и НДПИ приходится 16,6% (148,3 млрд руб.) и 11,7% (104,6 млрд руб.) соответственно. Общая сумма региональных налогов и сборов, то есть платежей, напрямую поступающих в местные бюджеты (транспортный налог и налог на имущество организаций),— 57,69 млрд руб., или 6,5% от платежей в консолидированный бюджет РФ.
Единственный субъект СибФО, где доля идущих в федеральный центр налогов, сборов и обязательных платежей превышает 35%,— это Томская область (70,2% к 29,8%). Происходит это за счет НДПИ, составляющего чуть менее половины от уплаченных областью налогов при относительно низкой численности населения.
По состоянию на 1 января 2012 года доля трансфертов из центра в доходах субъектов СибФО составляла 25,18% (223,5 млрд руб.). При этом в составе округа есть как критически зависимые от федеральной помощи субъекты — Тыва (76,29% безвозмездных поступлений в структуре доходов), Республика Алтай (73,67%), так и относительно финансово независимые регионы — Кемеровская область (10,73%), Красноярский край (15,15%), Новосибирская область (18,18%). В целом полученная из центра сумма в 223,5 млрд руб. на 477,78 млрд руб. меньше, чем совокупный объем перечисленных "наверх" налогов, таможенных платежей, администрируемых таможенными управлениями СибФО и оценочной доли Сибири в общем объеме собранных ФТС пошлин. Однако стоит учитывать, что при этом федеральный центр напрямую обеспечивает ряд социально важных и затратных расходных статей. Например, на выплату пенсий или на правоохранительную деятельность.
Из общего объема поступивших в округ из федерального центра средств 78,879 млрд руб. пришлось на дотации (прямое покрытие дефицита региональных бюджетов), 69,896 млрд руб.— на субсидии (софинансирование расходов, возникающих при выполнении властных полномочий), 47,193 млрд руб.— на субвенции (целевые средства, подлежащие возврату в случае нарушений условий предоставления) и 25,873 млрд руб.— на иные межбюджетные трансферты.