6 января 1994 года правительство РФ одобрило постановление "О строительстве комплекса зданий парламентского центра" на месте стадиона "Красная Пресня" в Москве. Несогласие с решением о строительстве центра за $500 млн указывалось в качестве одной из причин отставки первого вице-премьера Егора Гайдара. 18 января против дорогостоящего строительства выступила и Госдума, после чего Борис Ельцин своим указом приостановил вступление в силу постановления кабинета.
В апреле 1998 года Борис Ельцин встретился со спикером Госдумы Геннадием Селезневым и пообещал ему решить проблемы депутатов, построив для них парламентский центр. За четыре дня до дефолта управделами президента предложило выпустить внешний заем на $2 млрд для финансирования строительства, однако из-за кризиса планы реализованы не были.
В марте 2000 года Геннадий Селезнев предложил перенести в Санкт-Петербург обе палаты парламента. Эту идею поддержал петербургский губернатор Владимир Яковлев, предлагавший выстроить парламентский центр напротив Таврического дворца или на Васильевском острове. Идея не нашла понимания у депутатов, и разговоры о переезде вскоре утихли.
24 мая 2000 года на открытии выставки Realtex 2000 мэр Москвы Юрий Лужков предложил построить парламентский центр на территории "Москва-Сити". В качестве альтернативных вариантов мэрия предлагала участок на Кутузовском проспекте за панорамой "Бородинская битва" и Поклонную гору. Предложения не нашли поддержки депутатов и управделами президента.
26 августа 2006 года правительство РФ распорядилось спроектировать парламентский центр на месте стадиона "Красная Пресня". Однако под давлением местных жителей, выступивших в защиту стадиона, и Мосгордумы, принявшей специальное обращение к правительству "О недопустимости строительства парламентского центра", от проекта решено было отказаться.
27 апреля 2010 года управделами президента РФ Владимир Кожин сообщил, что центр будет строиться в "центральной части Москвы, внутри Садового кольца". Позднее стало известно, что власти Москвы обсуждают строительство центра на месте бывшей гостиницы "Россия", однако в январе 2012 года премьер Владимир Путин отверг эту идею.