На протяжении последних трех лет Мастер-банк неоднократно попадал в поле зрения правоохранительных органов в связи с расследованиями уголовных дел об отмывании. В большинстве случаев в банке официально заявляли, что расследования связаны не с самим банком, а с его клиентами. При этом вал информации о следственных действиях всегда стихал после того, как в банке занимал какую-либо должность двоюродный брат премьера Игорь Путин, и поднимался снова после его ухода.
В начале апреля 2010 года в Санкт-Петербурге управление СКП совместно с управлением по налоговым преступлениям ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области установили схему по систематическому обналичиванию денежных средств с использованием местного филиала Мастер-банка через выпущенные им пластиковые карты. Установленный ущерб от действий группы составил 18 млн руб. неуплаченных налогов. Обналичено же было 136 млн руб.
28 апреля 2010 года сотрудники главного следственного управления (ГСУ) ГУВД Москвы провели обыск и выемки документов в центральном офисе Мастер-банка. В ГСУ неофициально сообщили, что следственные действия проводились в рамках уголовного дела, возбужденного по ст. 172 УК РФ (незаконная банковская деятельность). Возбуждено оно в отношении одного из клиентов банка, занимавшегося незаконным обналичиванием денежных средств.
20 сентября 2010 года Игорь Путин приступил к выполнению обязанностей вице-президента Мастер-банка. Было объявлено, что господин Путин будет отвечать за реализацию стратегии развития банка. В том же месяце банк вошел в список банков-партнеров, имеющих право на обслуживание проектных компаний госкорпорации «Роснано».
6 декабря 2010 года Игорь Путин ушел из Мастер-банка, возглавив ООО «Сургуттрубопроводстрой» (СТПС).
16 декабря 2010 года в московском офисе Мастер-банка следователями ГСУ совместно с оперативниками УЭБ ГУВД Москвы был проведен обыск с выемкой документов в рамках уголовного дела о мошенничестве, возбужденного в отношении преступной группы, которая на протяжении длительного времени незаконно обналичивала денежные средства. По данным следствия, только в течение 2010 года было обналичено более 1 млрд руб.
3 февраля 2011 года “Ъ” со ссылкой на ДЭБ МВД сообщил о задержании группы «обнальщиков», которые снимали наличные деньги со счетов с помощью банковских карт. Неофициально назывался Мастер-банк. Также оперативники получили данные, что непосредственное отношение к этому делу могли иметь отдельные сотрудники Мастер-банка. По подсчетам оперативников, обналичивалось до 500 млн руб. ежедневно.
9 марта 2011 года Игорь Путин вошел в совет директоров Мастер-банка.
17 марта 2011 года руководство Мастер-банка обратилось с жалобой к министру внутренних дел, потребовав, чтобы ДЭБ МВД опроверг ранее распространенную через свой сайт информацию о задержании в рамках расследования февральского дела об отмывании ведущего специалиста Мастер-банка Мери Теванян.
17 апреля 2012 года стало известно, что Игорь Путин может в ближайшее время покинуть Мастер-банк. Такое заявление сделали в пресс-службе Русского земельного банка, где господин Путин назначен в совет директоров.
19 апреля 2012 года главное управление экономической безопасности и противодействия коррупции (ГУЭБиПК) МВД сообщило о задержании бывшего вице-президента Мастер-банка Евгения Рогачева по подозрению в незаконной банковской деятельности, а также о ходатайстве о внеплановой проверке Центробанком деятельности Мастер-банка.